基于EST和Genome序列设计SSR引物的步骤.docVIP

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2017-06-07 发布于重庆
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基于EST和Genome序列设计SSR引物的步骤.doc

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基于EST和Genome序列设计SSR引物的步骤

EST-SSR 引物开发 1、首先计算机安装PC 版perl 程序，然后从GenBank/dbEST （http：//www.ncbi.nlm.nih/entrez）中以FASTA 格式下载该种中所有的EST 序列，共29830 条。 2、用Blastclustv.2.2.10；http：//www. /web/newsltr/spring04/blastlab.htm软件，对这些EST 序列进行冗余性查找，利用CD_HIT（http：// /cd-hit/）快速批量去冗余序列 3、利用est_timmer（http：//pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/）去除EST 序列中过短的序列（100bp）和过长的序列（700bp）以及mRNA 的“帽子”和“尾巴”(A或T) 4、利用misa.pl（http：//pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/）识别和定位SSR，其中配置文件misa.ini 用来设置识别SSR 标记的标准 5、利用primer3 模块批量设计SSR 引物，引物设计的主要参数是，引物长度20～26bp；退火温度Tm 值48℃～65℃；（G+C）含量30%～70%；PCR 扩增产物长度大于150bp 6、利用MacVector7.0 软件对所设计的引物进行验证，引物由上海生工生物技术有限公司合成。Genome-SSR 的引物开发 1、通过Genbank数据库，检索相近种的全基因组序列。保存成FAST格式。 2、利用SSRHunter1.3搜索基因组序列中的简单重复序列信息位点。 3、选取信息位点核苷酸重复基序为2～6个的序列为靶标序列，利用软件Primer Premier 5.0设计SSR引物，引物设计的主要参数是，引物长度20～26bp；退火温度Tm 值48℃～65℃；（G+C）含量30%～70%；PCR 扩增产物长度大于150bp并用Oligo 6.65验证引物各项指标的适合度 4、挑选满足一定条件的引物序列用于合成。