16Srna序列比对教案分析.docVIP

16Srna序列分析比对 研究目的： 实验工具： 利用点阵分析方法可以找到两个序列之间的所有可能的残基匹配,以及两序列之间的遗传重组现象，用Vector?NTI?8?软件进行双序列局部比对，设计窗口值为5，阈值为100进行点阵分析 实验材料： 16S中的S是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大 大小 界 门 纲 目 科 属 种 16S RNA1 849 细菌 厚壁菌门 乳酸杆菌目 链球菌科 链球菌属 变形链球菌 16S RNA2 924 细菌 变形菌门 变形菌纲 鞘脂单胞菌目 鞘脂单胞菌科 发酵单胞菌 运动发酵单胞菌 16S RNA3 762 细菌 变形菌门 丙型变形细菌纲 弧菌目 弧菌科 弧菌 霍乱弧菌 16S RNA4 910 细菌 厚壁菌门 芽孢杆菌目 芽孢杆菌科 土芽孢杆菌属 土芽孢杆菌 16S RNA5 1007 细菌 厚壁菌门 乳酸杆菌目 肠球菌科 肠球菌属 海氏肠球菌 melmttrna 807 真核生物 后生动物门 线虫纲 垫刃线虫目 垫刃总科 根结线虫属 爪哇根结线虫 sulfolobus 1496 古生菌 泉古菌门 热变形菌纲 硫化叶菌目 好热好酸菌科 硫化叶菌属 硫磺矿硫化叶菌 其中变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪芽孢杆菌、海氏肠球菌属于细菌界，而硫叶菌属于古生菌，爪哇根结线虫属于真核生物。 一、原核生物和古生菌的比对： 1.变形链球菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果： 2.运动发酵单胞菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果： 3.霍乱弧菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果： 4.土芽孢杆菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果： 海氏肠球菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果： 二、原核生物和真核生物的比对： 变形链球菌和爪哇根结线虫比对结果： 2.运动发酵单胞菌和爪哇根结线虫比对结果： 霍乱弧菌和爪哇根结线虫比对结果： 4.土芽孢杆菌和爪哇根结线虫比对结果： 海氏肠球菌和爪哇根结线虫比对结果： 三、古生菌和真核生物比对： 硫磺矿硫化叶菌和爪哇根结线虫比对分析结果： 变形链球菌和运动发酵单胞菌比对： 2、土芽孢杆菌和运动发酵单胞菌比对： 3、海氏肠球菌和运动发酵单胞菌比对： 4、变形链球菌和霍乱弧菌比对： 5、土芽孢杆菌和霍乱弧菌比对： 6、海氏肠球菌和霍乱弧菌比对： 7、运动发酵单胞菌和霍乱弧菌的比对： 8、变形链球菌和土芽孢杆菌的比对： 9、海氏肠球菌和土芽孢的比对： 10、变形链球菌和海氏肠球菌的比对： 烟台大学