PHYLIP软件的使用.pptVIP

PHYLIP软件的使用 软件的下载与安装 下载地址：/phylip.html 使用 此软件包含有好多个子程序，常用的几个子程序功能如表6-1所示 子程序名称 子程序功能 Protpars 简约法蛋白序列建树 Dnapars 简约法核酸序列建树 Dnapenny 分支和边界法收索最大简约系统发育树 Dnaml 最大似然法核酸序列建树 Proml 最大似然法核酸序列建树，同时考虑分子钟 Promlk 最大似然法蛋白序列建树 Dnadist 距离法核酸序列计算距离矩阵 Protdist 距离法蛋白序列计算距离矩阵 Restdist 距离法从限制性内切酶位点和片段推导系统发育树 Restml 最大似然法从限制性内切酶位点和片段推导系统发育树 Seqboot bootstrapping/jackkinifing重复抽样检验 Fitch 利用Fitch-Margoliash距离矩阵计算序列之间的距离 Kitsch 利用考虑分子钟的Fitch-Margoliash距离矩阵计算序列之间的距离 Neighbor 邻近法和UPGMA法对以计算的距离矩阵建树 Drawgram 绘制有根树 Drawtree 绘制无根树 Consense 构建严格一致树 retree 对进化树进行不基于数据的交互式操作 Protdist 距离法蛋白序列计算距离矩阵 1. 打开ClustalX软件（对序列进行比对），点击“文件”→“载入序列”；点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾；点击“比对” →“完全比对”；比对完成后，关闭程序，并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。 2. 打开seqboot软件，按照路径输入所拷贝的“.phy”文件，回车 3. 输入“r”，回车→输入1000，回车→输入“y”，回车→输入“5”，回车→出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序，完成seqboot（上图中的J选项代表评估方法，默认为bootstrap法进行评估，可更改选项；R选项默认多少次，输入1000表示共进行1000次的republicate）。自动生成文件“outfile”，可用记事本打开。 4. 将刚刚生成的outfile文件更名为infile1，打开Prodtist.exe.软件（采用邻位相连算法构建进化树，如采用其他算法，则用其他软件），按照路径输入文件名infile1，回车 5.输入m，回车，输入d，回车，输入1000，回车 6. 将outfile重命名为infile2，打开neighbor软件（采用邻位算法），按照路径输入infile2，回车 7. 输入选项m，回车→输入1000，回车→输入奇数5，回车→输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个文件outfile和outtree。Outfile是分析结果的输出报告，可用记事本打开，outtree可用treeview打开。 8. 将outfile更名为outfile1，outtree文件更名为intree1，打开consense软件，按照路径输入intree1，回车 9. 输入y，回车→等待……一定时间后出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序。生成两个新文件outfile和outtree。Outtree就是最终结果，可用treeview软件打开观看 Protdist的使用 与Dnadist只有第5步不同 5. 输入t，回车→输入20，回车→输入m，回车→输入d，回车→输入1000，回车→输入y，回车→等待……等待……等待……时间长度视序列多寡长短及重复数多寡而不等，直到出现“press enter to quit”字样时，回车，退出程序（D选项为距离模式，默认为F84；T选项为点突变的“转换/颠换比率”，通常在15～30之间；M选项采用和原来一样的重复数；输入d，采用data sets）。自动生成文件outfile。 谢谢！ * 演示 演示 演示 *