五基因结构预测与基因表达分析.pptVIP

GeneBuilder 内含子/外显子剪切位点识别 对基因组序列的读码框区域进行预测 内含子5’端供体位点(donor splice site): GT 内含子3’端受体位点(acceptor splice site): AG 预测工具： GENSCAN，GENEMARK NetGene2，Splice View 内含子/外显子剪切位点识别 如何分析mRNA/cDNA的外显子组成？ 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置 预测工具：RNASPL，Spidey，SIM4，BLAT，BLAST，FASTA Spidey NCBI开发的在线预测程序 /spidey 基于BLAST和Dot View局部联配的算法 主要选项/参数 序列在线提交形式： 界面中有两个窗口： 上方窗口用于输入基因组序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 下方窗口用于输入cDNA/mRNA序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 可同时输入多条cDNA/mRNA序列与同一条基因组序列进行分析 输出结果 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 分析方法： 查询选择性剪切相关的网站 多序列比对 查询选择性剪切相关的网站 Nox基因