蛋白质的三维结构剖析.ppt

蛋白质三维结构 研究蛋白质结晶体： （一）X射线衍射法 紫外差光谱 荧光和荧光偏振 圆二色性 核磁共振 1、影响蛋白质三维结构的因素 内力（内因） 蛋白质分子内各原子间作用力 外力（外因） 与溶剂及其他溶质作用力 2、蛋白质分子内部的作用力 肽键、二硫键——一级结构 氢键、疏水作用、范德华力、离子键、二硫键——三维结构 （１)氢键( Hydrogen bond ) 两负电性原子对氢原子的静电引力所形成 X—H…Y 质子给予体X-H和质子接受体Y间相互作用 氢键具有： 方向性-（键角）指X—H与H…Y间的夹角 饱和性- X—H只与一个Y结合 （２)范德华力 (van der Waals force ) （３）疏水作用 ( Hydrophobic Interactions) 非极性侧链为避开极性溶剂水彼此靠近所产生 主要存在蛋白质的内部结构 蛋白质表面通常具有极性链或区域 蛋白质可形成分子内疏水链/腔/缝隙 ——稳定生物大分子的高级结构 （４)离子键 ( Electrostatic attraction ) 又称盐键：具有相反电荷的两个基团间的库仑作用。 （5）二硫键 (Disulfide Bond) 由含硫氨基酸形成 起稳定肽链空间结构的作用 二硫键被破坏，蛋白质生物活性丧失 （6）配位键 (Metal-ion Coordination) 两个原子之间形成的共价键 共用电子对由其中一个原子提供 金属离子与蛋白质的结合方式 例如：铁氧还蛋白 （7）酯键 (Ester Bond) Ser/Thr的羟基与AA的羧基形成酯键 磷酸与含羟基AA缩合形成磷酸酯键 （一）酰胺平面与α－碳原子的二面角 多肽链：通过可旋转的Cα连接的酰胺平面链 这种旋转是受到限制的 （二）可允许的φ和ψ值： 拉氏构象图 四、二级结构（Secondary Structure） 指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。 只涉及主链构象及链内/间形成的氢键 主要有?-螺旋、 ?-折叠、?-转角、无规卷曲、?-螺旋、?环等。 螺距0.54nm 每圈含3.6个AA残基 每个AA残基占0.15nm 绕轴旋转100° 链内形成氢键与轴平行 多为右手螺旋 2 、?-螺旋的特点 （1）又称3.613－螺旋 （2）α螺旋的偶极矩：由于每一肽键 N-H和C＝O的极性而产生 2 、?-螺旋的特点 （3）α螺旋的手性 左/右手螺旋都由L-AA残基构成 ——不是对映体 右手α螺旋空间位阻较小，构象稳定在肽链折叠中容易形成。 ①R基大小：较大的难形成，如多聚Ile ②R基的电荷性质：不带电荷易形成 ③ Pro吡咯环的形成 C? -N /C -N不能旋转 无法形成链内氢键 310－螺旋 π螺旋（4.416－螺旋） 由两/多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成。 肽链主链呈锯齿状折叠构象。 C?总是处于折叠的角上 AA的R基团处于折叠的棱角上并与之垂直 两个AA之间的轴心距为0.35nm 氢键主要在链间/同一肽链不同部分间形成 几乎所有肽键都参与链内氢键的交联 氢键与链的长轴接近垂直 平行肽链间以氢键从侧面连接的构象 平行式：所有肽链的N-端都在同一边 反平行式：相邻两条肽链的方向相反 肽链主链骨架180°的回折结构 特点： 由4个连续的AA残基组成 第一个残基C=O 第四个残基NH O ……（ 氢 键 ）……… H —C—（NH—CH—CO）2—N— R 比较稳定的环状结构 五、纤维状蛋白质 纤维蛋白 （一）?-角蛋白 （Keratin） ?-角蛋白 毛发的结构 卷发(烫发)的生物化学基础 ?角蛋白在湿热条件下伸展转变为?—构象， 冷却干燥时可自发地恢复原状。 侧链R基一般较大，不适于处在?—构象 螺旋多肽链间有着很多的二硫键交联 ——交联键使外力解除后肽链恢复原状 （二）?-角蛋白 丝蛋白的结构 （三）胶原蛋白(collagen) 由?肽组成 至少有：?l(I)/?l(II)/?l(III)/?1(IV)和?2胶原蛋白I：[?1(I)]2?2三螺旋 五种肽链AA顺序不同，分子量介于95000到100000之间，含1000个残基左右 （四）弹性蛋白（elastin） 由可溶性的单体合成 是弹性蛋白纤维的基本单位 含有各种各样无规卷曲构象 六、 超二级结构与结构域 （一）超二级结构 若干相邻的二