第六章：蛋白质分子构象(10学时)详解.docVIP

第六章：蛋白质分子构象（10学时） 第一节：概述（pp191-192） 蛋白质结构层次（pp191-191） 蛋白质分子的结构层次： 一级结构→二级结构→超二级结构→结构域→三级结构→四级结构 1． 一级结构（primary structure）：又称化学结构，指的是蛋白质分子中氨基酸的排列顺序，包括组成一个蛋白质分子的多肽链的数目和多肽链中氨基酸的精确序列两个重要方面。 2． 二级结构（secondary structure）：指的是多肽链主链骨架中若干肽段各自沿着某个轴盘旋或折叠，并以氢键维持，从而形成有规律的构象（空间结构）。如α-螺旋、β-折叠、β-转角等。目前认为上述看法排除了多肽链中的无规卷曲和非氢键的规则结构，是不全面的。 3． 超二级结构（super secondary structure）：指的是蛋白质分子中的一些二级结构单元，在空间进一步聚集、组合在一起，形成的一种高于二级低于三级结构的新的空间层次。常见的超二级结构有αα、βcβ、βαβ、βββ等。 4． 结构域（domain）：指的是由超二级结构形成的紧密、稳定，而且在蛋白质分子构象上明显可分的区域。一般由50-400个氨基酸组成，它们分别担负蛋白质分子的不同功能，是蛋白质分子的生物功能实体。 5． 三级结构（tertiary structure）：指的是一条多肽链在二级结构的基础上，由于其顺序相隔较远的氨基酸残基侧链的互相作用（氢键、疏水键、范德华力、离子键、配位键、二硫键），而进行范围广泛盘旋和折叠，从而产生特定的不规则的球状结构。 6． 四级结构（quarternary structure）：指的是各个亚基（亚单位）在多聚蛋白中的空间排布及亚基的互相作用。 构象和构型的区别（pp191-191） 两个易于混淆的概念： 构型（configuration）：指的是：在立体异构体中，取代原子或基团在空间里的取向。一个碳原子和四个不同的基团相连时，只有两种不同的空间排列。这两种不同的空间结构称为不同的构型（α-、β-构型）。如果没有共价键的断裂和生成，这两种构型是不能互变的。构成蛋白质的氨基酸都是α-构型氨基酸。 构象（conformation）：指的是：当单键旋转时，分子中的基团或原子可能形成不同的空间排列，这些不同的空间排列，称为不同的构象。这种空间位置的改变，并不涉及共价键的断裂和生成。多肽链空间结构改变不涉及共价键的断裂和生成，仅仅涉及次级键的断裂和生成，因此蛋白质的空间结构属于构象。 研究构象的必要性（pp191-192） 构象是理解蛋白质结构和功能关系的基础。例如：胰凝蛋白酶的His-57、 Asp-102、丝Ser-195，在空间构象中很接近，构成活化中心，对了解蛋白质功能非常重要；但是，如果我们只了解它的一级结构，就无法理解：在一级结构上相距甚远的这三个氨基酸残基为什么能够共同催化底物化学反应。 蛋白质构象研究进展（pp192-192） 两个发展时期： 30年代~1959年： 研究对象：各种纤维蛋白。 研究方法：X射线衍射图。 研究成就：提出蛋白质立体化学原理、开始建立结构模型（α螺旋模型）； 1959年至今： 研究对象：各种种蛋白质分子构象，主要为结构复杂的结晶球蛋白。 研究方法：制备蛋白质单晶、运用0.2nm分辨率的X射线衍射结构分析法等。 研究成就：提出六级结构的理论、研究出多达300~400种蛋白质分子构象、初步揭示了蛋白质构象与功能的关系。 第二节：多肽链立体结构原理（pp192-197） 肽单位平面结构（pp192-194） ㈠ 基本概念：提前教室画图 多肽链（polypeptide chain）： 氨基酸残基（amino-acid residue）： 肽键（peptide bond）： 侧链（side chain）： 主链骨架（main chain backbone）： 肽单位（peptide uint），又称为肽平面、酰胺平面： ㈡ 肽单位的特征： 1． 肽键特征：C―N ①部分双键性质，不能自由旋转；② 键长0.1325nm。 2． 刚性平面：肽单位上的6个原子都位于同一平面上。 3． 反式排布：多肽链上决大多数肽单位，其C=O和N―H键都是反式排布的，既在肽平面中，两个Cα碳位于对角线的位置、O和H位于对角线的位置。反式构型的能量比顺式构型低，故结构稳定。（脯氨酸例外） 4． 键长和键角：（见194页） 5个键长： N―H：0.1nm C=O：0.124nm C―N：0.1325nm N―Cα：0.1455nm Cα―C：0.153nm 5个键角： N CαC：111o CαCO：120.5o CαCN：116o OCN：123.5o CNCα:121o 二面角（pp