五基因结构预测与基因表达分析介绍.pptVIP

GeneBuilder 内含子/外显子剪切位点识别 对基因组序列的读码框区域进行预测 内含子5’端供体位点(donor splice site): GT 内含子3’端受体位点(acceptor splice site): AG 预测工具： GENSCAN，GENEMARK NetGene2，Splice View 内含子/外显子剪切位点识别 如何分析mRNA/cDNA的外显子组成？ 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置 预测工具：RNASPL，Spidey，SIM4，BLAT，BLAST，FASTA Spidey NCBI开发的在线预测程序 /spidey 基于BLAST和Dot View局部联配的算法 主要选项/参数 序列在线提交形式： 界面中有两个窗口： 上方窗口用于输入基因组序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 下方窗口用于输入cDNA/mRNA序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 可同时输入多条cDNA/mRNA序列与同一条基因组序列进行分析 输出结果 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 分析方法： 查询选择性剪切相关的网站 多序列比对 查询选择性剪切相关的网站 Nox基因 .tw/查询NOX1 基于序列比对分析选择性剪切 基因周围调控序列分析 CpG岛 位于真核生物基因转录起始位点上游，GC含50% ，长度200bp 转录起始位点(Transcription start site, TSS) PY2CAPY5 核心启动子(Core promoter element) TATA box，Pribnow box 上游启动子元件(Upstream promoter element) CAAT box，GC box，SP1，Otc 转录终止信号 AAUAAA，UUUUUU 操纵子、终止子、增强子、沉默子 编码区综合分析举例 基因表达分析 根据关键词查询 或 根据GEO accession查询 可下载这两种格式作进一步分析 探针 不同处理条件下的基因表达量 TXT格式 如何判断目标基因所对应的芯片探针？ 根据soft格式文件中探针的注释信息 r.it/~webgene/genebuilder.html 5’ GT….AG 3’ Web /cgi-bin/sp.cgi SplicePredictor Web http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ NetGene2 Web/Windows/Linux /pub/fasta/win32_fasta/fasta34t21b5d.zip FASTA Web/Windows/Linux /BLAST/Executables BLAST Linux /~kent/src/unzipped/blat/ BLAT Web /all.htm SPL/SPLM/RNASPL/FSPLICE Web/Linux Web Web Web/Linux Web Web/Linux Web Web http://gamay.univ-perp.fr/analyse_seq/sim4 / Sim4 /cgi-bin/gs.cgi GeneSeqer 分析mRNA/cDNA的外显子组成 /spidey Spidey http://www.ebi.ac.uk/~thanaraj/MZEF-SPC.html http://corba.ebi.ac.uk/cgi-bin/sp/wrapper.cgi MZEF SpliceProximalCheck 对基因组序列的读码框区域进行预测 /berry.phtml?topic=prot_mapgroup=programssubgroup=xmap PROT_MAP /tdb/GeneSplicer/gene_spl.html GeneSplicer r.it/~webgene/wwwspliceview.html Splice View /seq_tools/splice.html NNSplice Sim4 Sim4通过cDNA与基因组序列的联配，识别目标序列中的基因结构（exon/intron）。 http://pbil.univ-lyon1.fr/sim4.php 输入基因组序列Z83819 输入mRNA序列 判断用于分析的序列间的差异， 并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式 第一