118第十七章 蛋白质组学简介30张幻灯片.ppt

* 第十七章 蛋白质组学及其 相关技术研究概况 * * 一、产生背景 1. 20世纪中后期，生命科学研究进入了分子生物学时代。 2. 随着人类基因组全序列测定，生命科学跨入了后基因组时代。 3. mRNA的表达情况不能直接反映蛋白质的表达水平。 4. 蛋白质有自身特有的活动规律，如动态修饰、加工、转运定位、结构形成、代谢等，均无法从基因组水平上的研究获知。蛋白质构象病更难以仅靠DNA序列来解释。 5. 蛋白质才能动态反映生物系统所处的状态。 20世纪90年代中期，国际上萌发了蛋白质组学。 * * 6. 蛋白质组与蛋白质组学 （1）蛋白质组：1994年提出，最早见于文献是在1995年7月的“Electrophoresis”杂志上。指基因组表达的所有相应的蛋白质，也可说是指细胞或机体全部蛋白质的存在及其活动方式。 （2）蛋白质组学：研究细胞内全部蛋白质的组成及其活动规律的科学。 * * 7. 蛋白质组具有多样性和可变性的特点 （1）蛋白质的种类和数量在同一机体的不同细胞中是各不相同的。 （2）同一细胞，在不同时期、不同条件下，蛋白质组也是在不断改变的。 （3）在病理或治疗过程中，细胞蛋白质的组成及其变化与正常生理过程的也不同。 * * 细胞中的基因一般不是全部表达, 一个细胞大约只含有5～6千种不同的蛋白,其中80%的蛋白是维持生命所必需而为所有的细胞所共有,称为“看家蛋白”。人体至少有250种不同的细胞,每一种细胞可能表达3～4百种自己特有的蛋白,所以人体拥有的总蛋白数可能要大于10万种。 * * 二、蛋白质组学的研究内容 1. 细胞或组织内蛋白质的表达模式及修饰（表达蛋白质组学） ：关键技术：2-D电泳 2. 蛋白质的序列和高级结构（结构蛋白质组学）：X-射线衍射分析（晶体结构分析）、多维核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）。 * * 3. 蛋白质的胞内分布及移位（细胞图谱蛋白 质组学）：确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等。 4. 蛋白质的功能模式（功能蛋白质组学）：蛋白质与蛋白质及其与其他分子的相互作用 * * 三、蛋白质组研究的相关技术 （一）研究细胞或组织内蛋白质表达模式的技术： 2-D电泳 1. 1975年，Patrick OˊFarrel发明了双向凝胶电泳。 2. 操作 （1）等电聚焦。 （2）平衡胶条。 （3）第二相SDS。 * * * * * * 图3 蛋白质微型电泳系统 蛋白质微型电泳系统 * * * * * * * * * * 3. 2-D胶上蛋白质鉴定 （1）早期Western blot鉴定 （2）Edman降解法鉴定 （3）肽质量指纹（peptide-mass fingerprinting）技术鉴定 （4）蛋白质组信息学 * * 2D 電泳 →? Mass 定序分析 * * * 二级结构测定 通常采用圆二色光谱(circular dichroism，CD)测定溶液状态下的蛋白质二级结构含量。 ?-螺旋的CD峰有222nm处的负峰、208nm处的负峰和198 nm处的正峰三个成分；而?-折叠的CD谱不很固定。 * * 蛋白质空间结构的研究方法 (1) X-射线衍射法（X-ray diffraction method） (2) 核磁共振（NMR） (3) 光谱法（红外光谱、紫外差光谱、荧光光谱） (4) 旋光色散法（optical rotatory dispersion, ORD） (5) 园二色性（circular dichroism, CD） (6) 氢同位素交换法 * * X-射线衍射法 简单原理 * * 2. 通过氨基酸序列知识去辨识和推引出其决定的三维结构 （1）用分子力学、分子动力学的方法，根据理化的基本原理，从理论上计算蛋白质分子的空间结构。 （2）通过对已知空间结构的蛋白质进行分析，找出一级结构与空间结构的关系，总结出规律，用于新蛋白质空间结构的预测。 * * 電腦模擬蛋白質結構與功能 Molecular dynamics simulation of Protein Structure Function * * （三）蛋白质序列测定 1. 蛋白质直接测序的用途 2. 肽序列分析的基本步骤： （1）分析已纯化蛋白质氨基酸残基的组成。 （2）测定头尾氨基酸。 （3）把肽链水解成片段，分别进行分析，得到肽图。 （4）Edman降解 * * （四）研究蛋白质胞内分布及移位的方法 1. 分别收集细胞不同区域内蛋白质，然后进行2-D电泳和蛋白质鉴定。不能采用离心的方法获取各组分蛋