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灰色: 与青六矮相同 红色: 与青六矮之间存在多态性 黄色：杂合状态 黑色：信息缺失 育种中的位点变化(700 SNPs) 对黄华占与双桂36杂交群体的分析 材料名 双桂36 黄华占 审定年份 1986 2005 生育期 135-140天 129-131天 株高 83-92cm 93.8-102.8cm 亩有效穗 25.7万 21.4万 穗长 19.7cm 21.8cm 结实率 83.5% 86.8% 每穗总粒数 87.3 147 千粒重 23.8g 22.2g 米质 非优质米 优质米 亲本重测序分析 双桂36与黄华占之间的SNP分布图 SNP在基因组上的分布 SNP位点测序覆盖率 SNPs(bases=5) SNPs(bases=4) SNPs(bases=3) SNP数目 75860 17572 15107 用于芯片定制的384 个SNPs 基于GenomeStudio对基因型进行分析 AA BB AB 230 个有效 SNPs 杂交群体基因型 用于芯片的384个SNP位点的背景信息分析 0.6 0.6-0.7 0.7-0.8 0.8-0.9 0.9-1 Chitest No calls 10 2 8 3 4 0.000207 No SNPs 17 3 3 3 15 2.31E-08 Other failures 11 5 23 27 20 0.260037 Successful SNPs 8 4 44 82 92 0.000354 Total 46 14 78 115 131 表2 基于Illumina分值 表1 基于SNP测序覆盖次数 4 5 6 7 8 =9 Chitest No calls 2 5 5 5 1 9 0.799582 No SNPs 9 10 13 1 1 7 4.07E-07 Other failures 9 10 14 14 12 27 0.293422 Successful SNPs 4 27 27 34 23 115 0.016209 Total 24 52 59 54 37 158 育种中的背景选择 高密度的SNP检测平台对于育种中的背景选择至关重要！ SNP检测在分子设计育种中的作用 小 结 分子标记基础知识 SNP基础知识 水稻SNP数据挑选 不同通量的SNP检测技术 水稻SNP检测平台的初步应用 致 谢 合作团队 周少川 （广东农科院） 黎志康 （中国农科院） 张启发 （华中农大） 陈良碧 （湖南师大） 经费支持 农业部 科技部 盖茨基金 邓兴旺 何航 邹艳娇 陈伟 于仁波 刘霞 杨洋 陈昊 北大邓兴旺团队 谢 谢！ * * 细胞学，形态学标记 * A T C G 腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶 可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。 * * Genomic DNA as a target Invader DNA assay by Third Wave Technologies, Madison, WI Sniper assay by Molecular Staging Inc Amersham Pharmacia PCR products as a target Restriction analysis Sequencing Single base extension Mass spectrometry Dynamic allele-specific hybridization Flow cytometry-based minisequencing Pyrosequencing Other existing methods * * * * Step3: use all published data The objective of rice breeding is to integrate and balance the desirable traits together: High yield Nutrition and quality Pests, diseases and herbicides resistance Stress tolerance Etc. * * * * streptavidin 【医】抗生蛋白链菌素,抗生物素蛋白链菌素 * Haplotype Analysis