从零学测序癌症基因组重测序第六讲之circos图的绘制教程.pptxVIP

【测序中国-从零学测序】癌症基因组重测序分析第六讲之circos图的绘制;Circos?是一个Perl语言开发的自由可视化软件，使用GPL协议分发，以绘制输出圈图(原型 Circos 是由加拿大的一位生物信息科学家 Martin Krzywinski 所开发，他同时是一位专业摄影师，最初他主要从事Linux系统管理等工作风格的图)为最大特色;Circos案例;Circos绘图流程;Windows上安装Circos;Unix上安装Circos;配置语法：变量名=变量值 配置块： ; 在circos/etc目录下有些现成的设置会经常用到，从不或很少改变，学会运用这些配置文件对学习circos有很大帮助，也省去了很多麻烦，如colors.conf、fonts.conf等。写配置文件的时候可以直接导入使用。; 还有一些设置是也是经常用到，但会根据个人喜好或绘图要求不同而有细微差别，如ideogram.conf、 ticks.conf等。除此之外，也可以把经常用到的设置写成配置文件，便于其它配置文件反复导入，提高效率。; 对于上述提到的那些配置文件，主配置文件可以用include xxx.conf来导入，这样在主配置文件中就不必再对xxx.conf文件中的变量进行定义了。如此一来，既可以使这些重要配置文件得以重复利用，也大大简化了主配置文件。除此之外，被导入的配置文件它自己也可以导入其它的配置文件。;嵌套配置文件导入;实例绘制初级：核型图绘制;ideogram spacing default = 0.005r /spacing radius = 0.9r thickness = 40p fill = yes fill_color = black stroke_thickness = 2 stroke_color = black show_label = yes label_font = default label_radius = 1r + 75p label_size = 30 label_parallel = yes label_case = upper label_format = eval(sprintf(chr%s,var(label))) show_bands = yes fill_bands = yes band_stroke_thickness = 2 band_stroke_color = white band_transparency = 4 /ideogram; 然后，创建一个主配置文件，导入核型文件和其它配置文件：; 最后，运行circos：perl bin/circos -conf circos.conf; 画出基本的核型图之后，就要开始往图里面添加需要显示的数据了。circos图形典型的有Scatter Plots、Line Plots、Histograms、Heatmaps 、Connectors 、Highlights、Links。 Scatter Plots、Line Plots、Histograms、Heatmaps数据数据格式： chr start end value options，options是在数据内部，单单对它所在行的数据进行设置，多项设置用逗号隔开， options可有可无。;Scatter Plots; 形成主配置文件：将核心配置块插入到前面实例circos.conf中即可，其它2D数据同样的方法。;plots type = line thickness = 2 plot max_gap = 1u file = data/6/snp.density.250kb.txt color = red min = 0 max = 0.015 r0 = 0.5r r1 = 0.8r fill_color = vdred /plot plot max_gap = 1u file = data/6/snp.density.txt color = yellow min = 0 max = 0.015 r0 = 0.25r r1 = 0.45r thickness = 1 fill_color = vdyellow /plot /plots;Histograms;Heatmaps;plots plot type