DAVID_v6.7课程.ppt

DAVID v6.7 * 主要功能 DAVID: The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery /home.jsp 功能注释 基因功能分类 数据上传 1.直接从EXCEL里粘贴或从文件导入 2.选择所粘贴或基因标识的类型 3.Gene list 或background，即，所提交的是感兴趣的基因还是整张芯片的基因 4.提交 如果出现这个提示框，说明没有匹配上的基因比较多。 Option1：照常提交，但它只计算匹配上的 Option2：先用Conversion Tool 转换再提交 可根据基因的匹配情况进行选择 基因的匹配情况 列表信息及编辑（选定，重命名，删除，组合及显示基因列表） Background一般系统会自动选好，如果没选好，可以去DAVID自带的Background里查找设置，或自行上传 选择所要做的分析 列表可循环利用于后面的所有分析，无需重复上传 ID转换 转好之后点击提交 之后在这里会出来新转换的list 富集和功能注释 数据上传 =选择Functional Annotation（菜单栏Short cut里或传完后直接选择） =分析结果概览（Summary results) =Clustering, Chart或Table =结果保存 基因功能分类 按照基因的生物学功能，相似的归为一类 数据导入 =运算 =TEXT结果格式 =图像结果格式 Gene batch viewer：快速查找相似基因 Kappa值越高相似度越高 Thanks * ID转换 相似基因查找 概述，是否找到 按照ID来源的概述，点击图标集体转换 每个ID的详细列表，点击图标单独转换 Functional Categories GO General Annotations Literature Main Accessions Pathways Protein Domains Protein Interactions Tissue Expression 1.提交的信息 2.勾选选择感兴趣的结果（系统有默认） 3.1 百分比 3.2 基因数 3.3 只对此类生 成图表 4.1 结果聚类 去除冗余 4.2 Chart 4.3 Table 结果概览 点击所需要的结果形式： EASE 分值，也就是修正后的P值（越低越显著） 在生物学上比较类似的一组term 数据信息 FDR可选 该Cluster里的所有基因 相关term Term里基因个数 Term名称 富集分值（越高富集度越大） 限定强度（越高分类越细） 注释的聚类 数据信息 规定term的最少基因数 规定p值 每页至多显示的条目 数据库来源 Term名称 相关term搜索 基因数 百分比 P值 FDR Chart Table:以逐条的基因为中心 Database 基因ID 该基因所在的terms 相关基因 物种 限定强度 分成了多少个cluster 该cluster里的基因 注释 相关基因 该cluster涉及到的terms 画图 点击 *