DNA序列测定与比对讲课.pptxVIP

第十七章 DNA序列测定及比对;第一节 测序原理;;注意： 1、胶放射自显影后读序列，变性序列胶浓度20％左右PAGE 2、胶上读出序列为测序链的3’→5’方向 3、引物标记;;循环测序法： 与PCR原理相结合，反复进行“热变性—引物退火—DNA延伸”等步骤;2、DNA自动测序;DNA的测序仪示意图;多色荧光标记 毛细管电泳 ;一个样本，1个反应。反应中包含分别带4色荧光标记的ddNTP(终止子);一个样本，4个反应。4个反应中引物序列相同，但分别标记有不同颜色的荧光。;DNA自动测序结果举例;第三节 DNA序列的同源比对;2、Blast——核酸、蛋白序列比对工具;;2、各种BLAST介绍;fasta格式：;② MegaBlast 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片段的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因，?速度快。 ③ Seach for short，nearly exact sequences（近似的短序列检索） 对短序列进行检索;（2）Protein Blast;③ PHI-Blast（pattern hit iterative Blast，模型位置重复Blast） 以常规的表达模型（motif）为特别位置进行检索，找出与待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。 The present PHI-BLAST used for searching genomic database available on the NBCI server takes only one motif as the input and so needs as many runs as the number of motifs the user has to give. ;Motif： In the analysis of a protein or DNA sequence, particular interest often focuses upon a small region, domain or sequence pattern. ;（3）Translating Blast is useful for finding similar proteins to those encoded by a nucleotide query. ① Translated query-protein db（blastx） 先将待查的核酸序列按6种可读框翻译成蛋白质序列，然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI蛋白质序列数据库比对 one way to do a protein BLAST search if you have a nucleotide query sequence the BLAST program does the translating for you, in all 6?reading frames;② Protein query-Translated db（tblastn）;Translated query vs translated database is useful for identifying novel genes in error prone nucleotide query sequences.;（4）align two or more sequences Enter one or more queries in the top text box and one or more subject sequences in the lower text box. Then use the BLAST button at the bottom of the page to align your sequences. To get the CDS annotation in the output, use only the NCBI accession or gi number for either the query or subject. Reformat the results and check CDS feature to display that annotation.;;视频： NCBI Blast 使用简介