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大纲 Linux背景介绍 登陆 Linux命令行操作（初级） Vim编辑器 Linux命令行操作（中级） Linux命令行操作（高级） 生物信息分析中的Linux操作（试题） 生物信息分析中的Linux操作（试题） 计算fasta序列长度 计算一组序列累计长度 将fasta文件中小写的a替换成大写的A 提取blast结果（m8格式）比对长度600的 在上一条件基础上提取错配数小于2的 在上两条件的基础上提取identity0.98的 计算上面三个条件下blast结果的行数 用两种方法继续查看上个文件第3、4列 将上个操作的结果再进行转置 熟能生巧 多运用 强于 用脑记 谢谢！ * Linux命令培训 Zheng Zhijun 2015.07.27 大纲 Linux背景介绍 登陆 Linux命令行操作（初级） Vim编辑器 Linux命令行操作（中级） Linux命令行操作（高级） 生物信息分析中的Linux操作 Linux背景介绍 Linux 免费、不受版权制约、类似Unix的操作系统 1991年芬兰人Linus Torvalds开发内核，后续大量世界各地爱好者共同维护 后来演化出众多版本包括一些商业版 自由软件（开源）GNU/GPL (General Public License) Linus Torvalds Linux背景介绍 Linux多用户、多任务 稳定、安全、高性能、高扩展性 会Linux一般意思为：会Linux命令行操作 非常适合 perl python 开展大数据操作 大纲 Linux背景介绍 登陆 Linux命令行操作（初级） Vim编辑器 Linux命令行操作（中级） Linux命令行操作（高级） 生物信息分析中的Linux操作 登陆 拷贝Putty到桌面 双击后输入登陆节点IP 设置中文字体（Vim培训用） 培训节点IP：11.1.255.204 账号：stu001 至 stu050 （共50个） 密码：realbio2015 登陆 培训节点IP：11.1.255.110 账号：stu001 至 stu050 （共50个） 密码：realbio2015 登陆 账号：stu001 密码：realbio2015 登陆 Apple电脑 打开终端 输入命令： ssh?? stu001@11.1.255.110 然后输入密码：realbio2015 大纲 Linux背景介绍 登陆 Linux命令行操作（初级） Vim编辑器 Linux命令行操作（中级） Linux命令行操作（高级） 生物信息分析中的Linux操作 Linux命令行（初级） pwd 查看当前目录位置 pwd cp -f -r /RealBio_Train/Linux_training/ ./ cd 进入一个目录 cd Linux_training/ cd .. （返回上一级目录） ls 查看目录下的文件 ll = ls –l (完整查看) -a, --all do not hide entries starting with . -l use a long listing format -t sort by modification time -r, --reverse reverse order while sorting -R, --recursive list subdirectories recursively -F, --classify append indicator (one of */=@|) to entries Linux命令行（初级） less 查看文件 less -S 完整查看文件，不分行显示 cp copy files and directories -p same as --preserve=mode, ownership, timestamps -R, -r, --recursive copy directories recursively -a, --archive same as –dpR cp file1 file2 (复制) mv move (rename) files -f, --force do not prompt before overwriting (equivalent to -- reply=yes) -i, --interactive prompt before overwrite (equivalent to reply=query) mv file1 file2 (重命名)