教你如何读懂GeneBank数据课题.ppt

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2017-05-07 发布于湖北
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Sequence Primary Accession－头部 Primary Accession－中部 Primary Accession－尾部序列文件格式文本格式简单文本格式 Line, Plain Text Staden FASTA Bionet (生物网膜allows comments) 加入注释的文本格式 GenBank GCG 二进制格式 (通常都带有注释) MacVector 序列文件格式例子（Fasta） gi|995614|dbj|D49653|RATOBESE R at mRNA for obese. CCAAGAAGAAGAAGACCCCAGCGAGGAAAATGTGCTGGAGACCCCTGTGCCGGTTCCTGTGGCTTTGGTCCTATCTGTCCTATGTTCAAGCTGTGCCTATCCACAAAGTCCAGGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACCATTGTCACCAGGATCAATGACATTTCACACACGCAGTCGGTATCCGCCAGGCAGAGGGTCACCGGTTTGGACTTCATTCCCGGGCTTCACCCCATTCTGAGTTTGTCCAAGATGGACCAGACCCTGGCAGTCTATCAACAGATCCTCACCAGCTTGCCTTCCCAAAACGTGCTGCAGATAGCTCATGACCTGGAGAACCTGCGAGACCTCCTCCATCTGCTGGCCTTCTCCAAGAGCTGCTCCCTGCCGCAGACCCGTGGCCTGCAGAAGCCAGAGAGCCTGGATGGCGTCCTGGAAGCCTCGCTCTACTCCACAGAGGTGGTGGCTCTGAGCAGGCTGCAGGGCTCTCTGCAGGACATTCTTCAACAGTTGGACCTTAGCCCTGAATGCTGAGGTTTC 以上这个FASTA文件中包含了gi号码、GenBank检索号码、LOCUS名称、以及GenBank记录中的DEFINATION字段。一种最简单的fasta序列形式可以表示为： D49653 CCAAGAAGAAGAAGACCCCAGCGAGGAAAATGTGCTGGAGACCCCTGTGCCGGTTCCTGTGGCTTTGGTCCTATCTGTCCTATGTTCAAGCTGTGCCTATCCACAAAGTCCAGGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACCATTGTCACCAGGATCAATGACATTTCACACACGCAGTCGGTATCCG…. 序列文件格式例子(GenBank) LOCUS RATOBESE 539 bp ss-mRNA ROD 23-SEP-1995 DEFINITION Rat mRNA for obese. ACCESSION D49653 KEYWORDS . SOURCE Rattus norvegicus (strain OLETF, LETO and Zucker, ) differentiated adipose cDNA to mRNA. ORGANISM Rattus norvegicus Eukaryotae; mitochondrial eukaryotes; Metazoa; Chordata; Vertebrata; Sarcopterygii; Mammalia; Eutheria; Rodentia; Sciurognathi; Myomorpha; Muridae; Murinae; Rattus. REFERENCE 1 (bases 1 to 539) AUTHORS Murakami,T. and Shima,K. TITLE Cloning of rat obese cDNA and its expression in obese rats JOURNAL Biochem. Biophys. Res. Commun. 209, 944-952 (1995) STANDARD full automatic COMMENT Submitted (10-Mar-1995) to DDBJ by: Takashi Murakami Department of Laboratory Medicine School of Medicine Un