第四章核酸序列介绍.pptVIP

第四章 核酸序列分析 对实验室中获得的一条新的核酸序列进行生物信息学分析是实验深入研究前的标准操作。 常规分析___以水稻瘤矮病毒RGDV基因组S8片段编码区序列为例，使用BioEdit软件进行分析 核酸序列组分分析（BioEdit、DNAMAN、 Dnastar） 分析核酸序列的分子质量、碱基组成、碱基分布等。 序列变换(BioEdit、DNAMAN 、 Dnastar） 根据分析需要，对核酸序列进行各种变换，如寻找序列的互补序列、反向序列、反向互补序列等。 限制性内切酶分析(BioEdit、DNAMAN 、 Dnastar） 确定核酸序列的酶切位点。 限制性内切酶是在许多细菌体内发现的能识别和切割外源DNA的核酸酶。细菌自身的DNA因其限制型内切酶的识别位点被相应的DNA甲基化酶所甲基化，而不被内切酶所水解。限制型内切酶的这种作用使之成为遗传工程实验的重要工具酶之一。 每一种限制性内切酶都有特定的DNA识别顺序，并且呈回文排列。确定DNA酶切位点是基因操作的必不可少的步骤，因此DNA序列分析软件包大多整合有检索酶切位点的程序。这些程序附带一个酶切位点的数据库文件，根据这个文件对序列作酶切位点的查找。 NEBcutter WebCutter Rebase Web Map Restriction Mapper 序列比对 定义：序列比对是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。 理论基础：如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。 意义：从核酸、氨基酸的层次分析序列的相似性，推测其结构功能及进化上的联系，是基因识别、分子进化、生命起源研究的基础 序列比对的方式 数据库搜索比对（BLAST） 将查询序列与整个数据库中所有序列进行比对，来获得数据库中与其最相似序列的已有数据，作为查询序列的参考信息。 序列两两比对(BLAST2sequences） 通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找两者可能的分子进化关系。 多序列比对(ClustalX） 将多个序列同时进行比较，寻找它们之间共同的保守区域、位点和profile。  序列相似性：指两个序列之间相同碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。在蛋白质序列比对中，有时也指两个序列之间具有相似特性（侧链基团的大小、电荷性、亲疏水性等）的残基所占的比例。 序列一致性：指两个序列相同位置上出现同样的碱基或氨基酸残基的比例。 同源性：用来描述蛋白质或核酸来自同一祖先。 多序列比对工具CLUSTALW 免费共享软件，基于动态规划算法对DNA或蛋白质序列作全局比对的多序列联配工具，结果生成具有生物学意义的多序列联配排列、并构建出表征比对序列间亲缘关系的系统树。 下载: ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/ ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ 在线分析: /software/ClustalW.html http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ CLUSTALW算法执行的步骤 Step1. 简单的两序列比对和距离矩阵 对所有序列做两序列比较，并对关系密切序列加权，两序列比对的得分用来构建距离矩阵；假如有n个序列，将要做n(n-1)/2次两序列比对（pairwise alignment）。 Step2.用邻接法（Neighbor-Joining）计算系统树 基于两序列比对得到的距离矩阵，用邻接法计算系统树。 Step3. 累进排列，依据系统树进行排列 从关系最紧密的两个序列开始，以系统树示出的关系为指导，逐步放入临近的序列或序列簇，并重新构建比对，直到所有的序列被加入，最后产生一个多重排列。 CLUSTALW在线分析 clustal格式输出的多重排列结果 可用GeneDoc 软件对ClustelW 比对结果进行美化 用Treeview处理ClustalW结果(Phylip格式保存的文件)，生成进化树 基因结构识别 ORF预测（ORF Finder） 分析核酸序列的开放阅读框。 启动子及转录因子结合位点分析(Promoter Scan） 重复序列分析(RepertMasker） CpG island 搜索（CpGPlot/CpGReport/Isocho