基因组序列诠释预案.pptVIP

第三讲 基因组序列诠释;问题;1. 寻找基因;Kozak规则: 若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下： (1) 第4位的偏好碱基为G； (2) ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T； (3) 在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基； (4) 除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基。 ;B 信号肽分析 信号肽分析软件(SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/signalP ) 把预测过程中证实含完整mRNA 5’端的序列翻译为蛋白序列; 然后用SignalP软件对前50个氨基酸序列(从第一个ATG对应的甲硫氨酸Met开始)进行评估，如果SignalP分析给出正面结果，则测试序列有可能为信号肽; ; C 终止密码子 终止密码子: TAA, TAG,TGA GC% = 50% 终止密码子每 64 bp出现一次； GC% 50% 终止密码子每100－200 bp 出现一次； 由于多数基因 ORF 均多于50个密码子，因此最可能的选择应该是 ORF 不少于100 个密码子。 ;D 3’端的确认 3’端的确认主要根据Poly(A)尾序列