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Non-coding-RNA---维持机体平衡的光谱调控分子(2012第一讲上)资料
Non-coding-RNA ——维持机体平衡的广谱调控分子李奇研发部经理基因芯片与生物信息领域从业9年生物调节网络——越来越全面的视角基因数量的矛盾根据人类基因组序列预测，共3～4万个基因根据EST序列，获得10万个基因大量垃圾序列存在的理由回顾以往矛盾的结果基因组上的所有信息如何表现CDShRNARegulaoryRNARNA调控网络——更广的生物信号调节网络RNA调控网络蛋白间作用网络代谢网络网络RNA-RNARNA-DNARNA-蛋白质DNA调控网络DNA-蛋白质染色体修饰长链非编码RNA调控 基因表达量非编码RNA的两种调控方式顺式调节(Cis)反式调节(Trans)1234512345非编码RNA反式调节的方式1：转录激活12345Thisgeneencodesbothnon-codingRNAsandproteinproductsthatfunctionastranscriptionalcoactivatorsforsteroidreceptor-dependentgeneexpression.Non-codingRNAsfromthisgenemayalsoplayaroleinmyogenesisbymediatingthetranscriptionalactivityofmyoblastdeterminationprotein1.Expressionofthisgenemayplayaroleinmultiplemalignanciesincludingbreastcancerandprostatecancer.Alternativelysplicedtranscriptvariantsencodingmultipleisoformsandnon-codingRNAshavebeenobservedforthisgenencRNAPANDA募集转录因子NF-YA，启动细胞凋亡通路非编码RNA反式调节的方式2：转录抑制12345ncRNA指导的DNA甲基化DNA从头甲基化转移酶H3K9Cell2011ncRNA-andPc2Methylation-DependentGeneRelocationbetweenNuclearStructuresMediatesGeneActivationPrograms转录因子网络定位LncRNA的靶标转录调控的检测——以ER转录因子为例35bpresolutionncRNAncRNA检测工具选择长链非编码RNA对基因表达的调控作用123AFEDC41234C5512354ED转录抑制诱发染色质重组组蛋白修饰致转录激活可变剪切诱发Dicer酶活性，生成内源siRNAmiRNA前体，合成miRNA激活转录因子活性3’5’BBLncRNA共表达网络 ——长链非编码RNA与编码基因互作NatureGenetics2010Notably,therewasnosignificantcorrelationoranti-correlationbetweenmostofthe216lncRNAsandthenearbyprotein-codingmRNA,suggestingthatmostofthelncRNAsmaynotfunctionincistoactivateorrepressnearbymRNAexpression非编码RNA的顺式调控方式——稳定RNANatureMedicine2010ExpressionofanoncodingRNAiselevatedinAlzheimer’sdiseaseanddrivesrapidfeed-forwardregulationofβ-secretaseexpression早发老年性痴呆病中BACE1-AS高表达导致BACE1mRNA稳定性增高，蛋白积聚，体现了ncRNA的毒性效应BACE1BACE1-AS基本分析要素检测工具选择长链非编码RNA调控 编码基因结构基因表达的若干种现象Genome-wideanalysisoftranscriptisoformvariationinhumansNatureGenetic2008NM_005484.3NM_001042618.1Ncbi-gENE数据库对PARP2的展示NM_005484.3PARP2isoform1NM_001042618.1PARP2isoform2,缺13个氨基酸白介素1B为例Ensembl数据库1个基因8种产物TP53可变剪接调控肿瘤形成MolecularCancer2006P53正常剪切与异常剪切作为乳腺癌临床监控的重要参数TP53可变剪接调控肿瘤形成长链非编码RNA与可变剪切联合分析123AFEDC41234C551235可变剪切诱发Dicer酶活性，生成内源siRNA
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