Popgene 132(中文手册).docx

用户快速指导  POPGENE  版本 1.32  1  一、POPGENE窗口概览  该软件由 C++语言书写。 POPGENE 窗口计算环境有两种类型：Data display windows（数据显示窗 口）和 Dialog boxes（对话框）. 其窗口菜单包含八部分： File：用于建立新的数据文件或打开存在的文件 Edit：用于从其他窗口修改和复制文本 Search：寻找或取代选择的文本 Co-Dominant:用于通过用 co-dominant 标志去调用物种遗传分析 Dominant：用于通过用 dominant 标志去调用物种遗传分析 Quantitative：用于通过用量化特征去调用物种遗传分析 Window：用于布置、选择和控制窗口分布 Help：帮助，告诉你如何使用该软件 在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。 底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。 二、POPGENE 计算程序窗口概览 POPGENE/Co-Dominant 和 Dominant markers 两个对话框：Haploid Data Analysis 和 Diploid Data Analysis。 每个对话框里有 3 个等级的 Hierarchical Structure：Single Populations, Groups 和 Multiple populations。 Single Locus 和 Multilocus 遗传参数的评定通过选择一个或多个 Hierarchical Structure 核对 框实现的。 HAPLOID DATA ANALYSIS Gene Frequency: 从原始数据中判断每个 locus 的基因频率 Allele Number:计数非零频率等位基因的数量 2 Effective Allele Number:评价彼此的结合性 Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比 Gene Diversity：判断 Nei’s (1973)基因多样性 Shannon Index: 判断 Shannon 信息指数，以此作为基因多样性的程度 Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ 2)和相似率(G2)测试 F-Statistics:为 Groups 或 Multiple Populations 判断 Nei’s (1973) GST，以及 GST 和 GCS Gene Flow: 从 GST 或 FST 中的判断中来进一步判断基因流 Genetic Distance: 判断 Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗 传距离 Dendrogram:用 UPGMA 做基于 Nei’s 遗传距离的树形图 Neutrality Test:用 Manly 提出的算法，为临界稳定执行 Ewens-Watterson 测试 Two-locus LD: 判断 loci 和 χ 2 测试之间的 gametic disequilibria Brown:计算观察的和预想的 K 的 moments Smouse:编码常出现的等位基因为 1，假的等位基因为 0. 判断平均内在关系 DIPLOID DATA ANALYSIS Genotypic Frequency: 从针对 co-dominant markers 的原始数据中判断每个 locus 的基因频率 HW Test:在随机杂交的情况下，用 Levence 计算法则计算预想的遗传型频率， 并 且 执 行 基 于 Hardy-Weinberg 平 衡 ( χ 2) 和 相 似 率 (G2) 的 测 试 ， 仅 限 于 co-dominant markers Fixation Index:判断 FIS 作为异形接合体缺失或过多的判据 Allele Frequency:判断原始数据的基因频率 Allele Number: 计数非零频率等位基因的数量 Effective Allele Number: 评价彼此的结合性 Polymorphic Loci: 不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比 Obs. Homozygosity:判断给定 locus 观察到杂合子的比例，仅对于 co-dominant markers 3 Exp. Homozygosity:判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于 co-dominant markers Shannon Index: 判断 Shannon 信息指数，以此作为基因多样性的程度 Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ 2)和相似率(G2)测试，测试针对于 Groups 或者 M