第五章进化与系统发生要点.ppt

生物信息学 Bioinformatics 编号 名称 第一章 生物信息学引论 第二章 生物信息学的生物学基础 第三章 生物信息学数据库资源 第四章 DNA和蛋白质序列分析 第五章 系统发生分析 第六章 基因表达数据分析 第七章 其他常用生物信息学工具 第八章 电子克隆的原理和应用 第九章 基本生物信息学工具的开发与应用 第五章 系统发生分析 第一节 基本概念 第二节 系统发生分析步骤 第一节 基本概念 基本概念： 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史; 系统发生学(phylogenetics)——研究物种间进化关系的学科; 系统发生树（phylogenetic tree）——描述物种间进化关系的一种表示形式。 经典系统发生学 主要是物理或表型特征 如生物体的大小、颜色、触角个数 即通过表型比较来研究物种之间的进化关系。 有时候亲缘关系远的物种也能进化出相似的表型，所谓的趋同进化(convergent evolution)。 如是否有眼睛? 现代系统发生学 利用从遗传物质中提取的信息作为物种特征， 具体地说就是核酸序列或蛋白质分子 如: 关于现代人起源的研究: 线粒体DNA ——所有现代人都是一个非洲女性的后代 系统发生树是一般是二叉树(每个节点最多有两个子节点)，由一系列的节点(nodes)和分支(branches)组成。 Bacterium 1 Bacterium 3 Bacterium 2 Eukaryote 1 Eukaryote 4 Eukaryote 3 Eukaryote 2 Bacterium 1 Bacterium 3 Bacterium 2 Eukaryote 1 Eukaryote 4 Eukaryote 3 Eukaryote 2 Phylograms show branch order and branch lengths 进化树，有分支和支长信息。 .进化分支图 Cladograms show branching order - branch lengths are meaningless 进化分支图，只用分支信息，无支长信息。 进化树 系统树可以是有根的(rooted )也可以是无根的(unrooted)： 有根树中存在一个被称为根特殊节点，是所有正被研究的共同祖先。 无根树是一种只将各间的关系具体化而未定义进化途径的树图。 Rooted by outgroup archaea archaea archaea bacteria outgroup root eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 无根树 archaea archaea archaea 有根树，无根树 有根树 外围群 直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的. 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复制产生的. 直系同源与旁系同源 必须了解的概念: paralogs orthologs 思考: 用于分子进化的序列必须是直系 or 旁系同源才能真实反映进化过程? 第二节 系统发生分析步骤 （1）序列比对 （2）确定替换模型 （3）构建系统发生树 （4）评价所建立的树 两类数据： 距离 离散特征 系统发生树的构建方法分为两大类： 基于距离的构建方法： 非加权组平均法 邻近归并法 Fitch-Margoliash法 最小进化方法 基于离散特征的构建方法： 最大简约法 最大似然法 进化简约法 相容性方法 基本思路是： 给定一种序列之间距离的测度，在该距离测度下构建一棵系统发生树，使得该树能够最好地反映已知序列之间的距离。 一.距离法 10条核酸序列的距离矩阵 例，如果有三个物种，其两两距离如下： dab = 0.5 dac = 0.9 dbc = 0.9 通过求解方程，得到 如图所示的一棵树。 u v a b c 0.2 0.25 0.25 0.45 一种简单的距离矩阵 1.1 非加权分组平均法（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, UPGMA） 在非加权分组平均法中，在计算新分类到其它分类之间的平均距离时按照各分类中分类单元的数目进行加权处理。 例，如果有三个物种，其两两距离如下：