分子模拟总结要点.ppt

理论背景 单点能计算 几何构型优化0 频率分析计算 反应路径—过渡态 验证：极小值、过渡态、高价鞍点 理论背景 1. MM分子力学 2. MD分子动力学 3. 电子结构理论 a) Semi-empirical (半经验方法) HMO、AM1、MNDO、PM3、INDO/S等方法 b) Ab initio Methods (从头算方法) Hartree-Fock/HF方法 c) Density Functional Theory 密度泛函理论 DFT/(B3LYP，X3LYP，PW91）等方法 4. 量子统计理论 二、开壳层 vs. 闭壳层 三、Basis set基组 一、 单点能计算 * 设置计算的理论等级和计算类型 　# HF/3-21G Pop=Reg SCF=Tight * 计算的名称: 对所进行计算任务的描述 * 电荷,自旋多重度 * 分子几何构型 RHF，MP2计算的能量（查找的关键词，注意单位） HOMO, LUMO轨道，电荷分布, 偶极矩 # RHF/6-31G(d) Opt Test 对于Gaussian03，默认收敛标准为同时满足四个条件 优化后最终能量的查找方式 几何构型优化 频率分析计算 判断极小值，过渡态，高阶鞍点的标准 ZPE，吉布斯自由能，焓如何查找 振动模式的查找，显示，以及红外拉曼光谱图的计算 # RHF/6-31G(d) Freq Test 注意: 频率分析计算时所采用的理论方法和基组必须 与几何构型优化采用的方法和基组完全相同。 过渡态反应路径 猜测可能的过渡态计算： Opt=(TS, CalcFC,noeigentest) B3LYP/6-31+G* Freq 频率分析，判断是否为过渡态 IRC计算，验证是否为本反应所对应的过渡态 IRC=CalcFC b3lyp/6-31+G* 将IRC向前向后分别获得的分子结构进行极小值优化，获得本过渡态所对应的反应物与产物 opt freq b3lyp/6-31+G* 注意事项： (1) 重点记清楚所学的每个关键词代表的意思 (2) SCF Done的能量代表什么能量？ (3) 频率计算中所给出的零点振动能，零点总能量，热力学总能量，体系的熵，体系的焓等要弄清楚 (4) 特征振动频率分析，及其相对应的位移 (5) 过渡态优化中活化能的计算，画势能曲线！ 激发态计算的应用 hn Phycobilin Spectrum of ?-subunit (PCB) α84 594 J. Phys. Chem. B, 109 (2005) 11088-11090 β84 β155 Energy flow (Foster theory) 588 608 Spectrum of β-subunit (PCB) 能量传递优势途径 Photoreaction center of the purple bacterium Rhodopseudomonas viridis. Photoreaction center of the purple bacterium Rhodopseudomonas viridis. Rps. viridis Absorption spectra and Circular Dichroism spectra of PSRC from Rps. viridis 1.17 分子模拟分子对接 2200 1997年 4300 2003年 7000 2010年 世界医药市场的总销售额 （亿美元） 发达国家 24大制药公司合计市场资本达18370亿美元 成为继 IT 银行 电传视讯 后第四大创利支柱产业 其利润率高居各行业榜首，达17.2%，显著高于占据第二位的电讯业（8.1%）和第三位的计算机产业（7.3%）。 医药产业 — 新世纪的支柱产业和经济增长点 创新药物研究流程 新靶标发现 新先导化合物发现 药物开发 靶标 新候选物 新药 基因/功能 靶标发现 靶标确证 先导化合 物发现 先导化合 物优化 临床前 研究 临床研究 功能基因 研究 市场 药物候选物 随机筛选 10, 000 ~ 20, 000 化合物 临床前研究 临床研究 (phase I, II, III) 期长: 10-12 年 耗资大: 5.50 亿美元，年增长率 20％ 风险高: 7个上市新药仅1个盈利 先导化合物 创新药物研究是最激动人心的挑战！ 化合物资源 药物发现 DICOVERY 药物开发 DEVELOPMENT 1. 临床前研究 2. 临床研究 药物候选化合物 药 新