原核生物基因组及其表达.ppt

第三章 原核生物基因组及其表达prokaryote genome and expression 前言 preface 不含细胞核和细胞器nucleolus organelle 各种细菌都含有:环状双链DNA 质粒 plasmid 鼠疫杆菌（Yersinia pestis）是一种杆菌，属于耶尔森氏菌属，同时是腺鼠疫、肺鼠疫和败血型鼠疫的病媒。在没有治疗的情况下，感染腺鼠疫75%会死亡，感染肺鼠疫的近100%会死亡 第一节 细菌基因组及其复制bactirium replication  一、细胞中的拟核 nucleoid: 细菌细胞中的基因组DNA为一种很大的环状双链DNA分子，它可以收缩为原来的千分之一，形成叫做拟核(nucleoid )的结构。拟核在功能上与真核细胞的细胞核相似，但在结构上有明显区别。 Colsed circular DNA 负超螺旋 负超螺旋DNA在形成单链缺口后可变成松弛型DNA 细菌DNA也与某些特殊蛋白结合，形成类似真核生物染色质的结构 Hu 蛋白 与组蛋白相似,包裹DNA 细菌染色体上只有一个复制启始区(oriC )，复制过程是朝复制终点双向进行的，所以一个细菌染色体就叫做一个复制子。 二、细菌DNA复制的主要酶类 细菌DNA的复制过程受许多酶或蛋白质因子的调节，但目前对它们控制染色体复制过程的确切机制还不很清楚。根据对大肠杆菌的遗传和生化研究，至少有18种不同基因的产物直接参与细菌染色体的复制过程. （一）直接参与复制叉形成的蛋白质 1、单链结合蛋白（single-strand binding protein，SSB） 使DNA双链松弛，但不能解螺旋，可促进。。 单链结合蛋白与DNA高亲和性地结合可以保护单链DNA部分不被核酸酶水解。 单链结合蛋白可以加强单链DNA对DNA聚合酶的亲和力，DNA聚合酶前进时，会置换出结合在单链上SSB蛋白。次级结构。 2、DnaB 蛋白： DNA螺旋酶(helicase) 在DNA复制、修复、重组以及接合过程中，DNA两条互补链必须部分分开以形成单链DNA中间体，即解旋。该过程是由DNA螺旋酶催化完成的。 SSB， primase , 四种核苷三磷酸可提高活性。 螺旋酶具有依赖DNA的ATPase活性，可把ATP水解产生的自由能转化为解旋DNA并使螺旋酶本身沿DNA链移动的机械能。 3、DnaG引物酶---RNA聚合酶 提高DnaB 蛋白与模板的结合与稳定 １０－６０ｂｐ；功能？ 4、DNA聚合酶Ⅲ polymorase DNA聚合酶Ⅲ是真正负责大肠杆菌细胞内合成DNA的复制酶。 DNA聚合酶Ⅲ全酶由α、β、γ、δ、ε、θ、τ、δ’、χ和ψ10种不同的 亚基组成。 功能：？？ DNA聚合酶Ⅲ全酶在细胞中的含量很少，在每个细胞中只有10－20个拷贝的全酶（holoenzyme）。 5、 DNA聚合酶Ⅰ 大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ是第一个被鉴定的DNA聚合酶，它是由polA基因编码的103 kDa的单链多肽。 当底物和模板存在时， DNA聚合酶Ⅰ可使脱氧核糖核苷酸依次加到具有3’－OH末端的多核苷酸链上。 DNA聚合酶Ⅰ是一个多功能酶，它可以催化以下的反应：？？ 6、 DNA连接酶 ligase？？ （二）在OriC位点起始DNA复制的蛋白质 1、Dna蛋白 DnaA蛋白为一种具有复制子特异性的启始因子，同时也是细菌DNA复制所必需的蛋白质，它识别oriC的DNA序列，并同oriC进行特异结合。 2、 DnaC蛋白 DnaC蛋白对DnaB与ssDNA稳定起促进作用。 3、DNA回旋酶 gyrase 在DNA复制的起始、延长、终止起着关键作用。 作用： 催化依赖ATP DNA超螺旋化 催化依赖DNA的ATP的水解 在ATP存在，催化负超螺旋的松弛。 DNA拓扑异构酶 (三)终止DNA复制过程的蛋白质 细菌DNA的复制终止过程可能需要数种不同的终止蛋白。在大肠杆菌中，染色体复制终止过程需要一种叫做Tus蛋白的终止因子。 三、细菌DNA复制的模型 （一）大肠杆菌oric的结构 在这一区域中，能够使DNA自动复制的最小片段为245bp。  大肠杆菌的最小oriC序列中存在5段9bp的结构高度保守的序列，DnaA蛋白与这5个位点结合，所以这5个位点又叫DnaA框(DnaA box). 大肠杆菌最小oriC序列的另一特征是其中存在许多GATC位点，这种位点是Dam甲基化酶作用的目标位点，所以叫做dam位点。 在oriC中还存在与膜蛋白结合的位点 （二）细菌染色体DNA的复制 1、oric组装和活化 DnaA蛋白结合——促进DnaB解螺旋