系统发育方法试题.pptxVIP

刘芳 2015.12.11 系统发育分析方法 系统发育分析常用方法 一、基于距离方法 Distance based (Algorithmic) methods 二、基于特征符方法 Character based (Tree searching) methods Maximum parsimony (MP) Maximum likelihood (ML) Bayesian inference (BI) unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) Neighbor-Joining Method (NJ) Minimum Evolution (ME) Fitch-Margoliash Method (FM) 方法 基本特征 适用范围 优点 缺点 NJ 不需要分子钟假设，是基于最小进化原理，进行类的合并时，不仅要求待合并的类是相近的，而且要求待合并的类远离其他的类。 远缘序列，进化距离不大，信息位点少的短序列 假设少，树的构建相对准确，计算速度快，只得一颗树，可以分析较多的序列，运行速度优于最大简约法 序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大 MP 基于进化过程中碱基替代数目最少这一假说，不需要替代模型，对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树 近缘序列物种