蛋白质工程_第四章_蛋白质结构预测.ppt

蛋白质可视化免费软件Pymol Pymol是强大的分子图形显示和基本特征测定系统。 Pymol可在/edu寻找链接下载 Pymol启动后显示双界面，对分子操作的常用命令界面，多种分析功能界面。 1. 图形界面左上侧列出主要的可操作对象并分成几个层次，包括所选对象、蛋白质、整体等； 2. 每个层次的对象有五种主要操作：动作(A: action)、显示(S: Show)、隐藏(H: hide)、标记(L: Label)、上色(C: Color)。 3. Dispaly下拉菜单中可显示蛋白质中每条肽链的序列和非蛋白质成分 ，鼠标左键单击序列选中特殊待操作的残基可同时显示对象所在位置 ；还可设置背景(论文中这类图一般用白色背景，而报告中常用黑色背景以增加视觉效果)； 4. Wizard中有对分子常用性质测定模块，包括距离、电荷等以及尝试进行蛋白质分子改造的功能。 蛋白质图形操作和性质测定 2、MMDB：/Structure 4.1 常用蛋白质数据库 蓝皮本 P164、P165 表6-1 橙皮本 P69 一、蛋白质序列数据库 二、蛋白质结构数据库 三、蛋白质结构分类数据库 三、结构分类数据库 参见P182 SCOP CATH PDBsum SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP（Structural Classification of Protein）数据库是一个蛋白质结构分类数据库。 依据不同蛋白质的氨基酸组成的相似性及三级结构，分为全?螺旋、全?折叠、 ?/?等11个结构类型，再按照折叠、超家族、家族进一步细分。 SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 4.1 常用蛋白质数据库 P164、P165 表6-1 一、蛋白质序列数据库 二、蛋白质结构数据库 三、蛋白质结构分类数据库 4.2 蛋白质结构预测 一、序列比对 二、二级结构预测 三、结构域预测 四、三维结构预测 蛋白质分析专家系统 Expert Protein Analysis System，ExPASy / 1994年由瑞士生物信息学院（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）创建的世界上第一个分子生物学网站，专门从事蛋白质序列、结构、功能和蛋白质2D图谱等的分析。 通过该网站可以链接到国际上包括ENZYME、PROSITE、TrEMBL、SWISS-PROT、SWISS-2DPAGE、 SWISS-3DIMAGE等数据库的相关站点，以及SWISS-MODEL等软件工具。 /proteomics /proteomics 各种Database：序列数据库、结构数据库、结构分类数据库 各种Tools：序列比对、二级结构预测、三维结构预测、结构域预测等 一、序列比对 在生物信息学研究中，最常用和最经典的一个研究手段，就是通过序列比对获得有用的信息和知识。 从核酸及蛋白质的一级结构方面来分析序列的相同点和不同点，从而能够推测它们的结构、功能及进化上的联系。 一、序列比对 （1）NCBI的BLAST /Blast.cgi 一、序列比对 （2）DNAStar软件的MegAlign：把多序列存成.seq后缀文件 （3）ClustalW软件：把多序列存成.txt后缀文件 二、二级结构预测 统计学方法：Chou-Fasman法 物理化学方法：Lim法 神经网络和人工智能方法 混合方法 参见《蛋白质结构预测实验指南》电子版 * * 蛋白质工程Protein Engineering 教学内容 第一章 绪论 第二章 蛋白质的结构与功能 第三章 蛋白质结构分析技术 第四章 蛋白质结构预测 第五章 蛋白质的修饰与克隆表达 第六章 蛋白质纯化 第七章 蛋白质分子设计 第八章 蛋白质组学 第九章 蛋白质工程的应用 Chapter 4 Bioinformatics Analysis of Protein Structure 第四章 蛋白质结构预测 * Contents of chapter 4 4.2 蛋白质结构预测 4.1 常用蛋白质数据库 4.1 常用蛋白质数据库 蓝皮本 P164、P165 表6-1 橙皮本 P69 一、蛋白质序列数据库 二、蛋白质结构数据库 三、蛋白质结构分类数据库 一、 蛋白质序列数据库 1、从三大核酸数据库查找蛋白序列 GenBank、EMBL、DDBJ 2、从蛋白质序列数据库查找蛋白序列 SWISS-PROT、PIR、TreEMBL及三者合 并而成的UniProt 1、从三大核酸数据库找蛋白序列 （1）NCBI National Cent