chap3-第四节基因组序列诠译.pptVIP

第四节、基因组序列诠译 4.1、搜寻基因 有二种方法： 1）根据已知的序列人工判读或计算机分析寻找与基因有关的序列； 2）试验研究，看其是否能表达基因产物及其对表型的影响 * 完成基因组测序仅仅是基因组计划的第一步，更大的挑战在于： 1）基因组序列中所包含的全部遗传信息是什么； 2）基因组作为一个整体如何行使其功能。 这二项任务都必须依赖于对基因组序列的正确注解或诠释，首先是从已知序列中搜寻基因 4.1.1、根据序列分析搜寻基因 如果一段DNA序列中含有编码基因，那么这段序列的碱基就不会是随机排列的，一定存在某些可辨的特征。目前还没有一个能适用于所有情况的“基因序列”的标准，只能根据已知的某些规律来推测那些序列可能是基因。 开放读码框 开放读码框有一个起始密码（ATG）和终止密码（TAA、TAG和TGA）。从DNA序列搜寻基因从ATG开始，而后向下游寻找终止密码。 获得了DNA双链之后，我们不知道那条单链是编码链，也不知道转录起始点从那个碱基开始。由于每条链有三种可能的读框，2条链共计6种读框，计算机可以很快给出结果。 ORF扫描的关键是终止密码子在6种读框中出现的频率 1）如GC含量为50％，则三个终止密码子出现的机率为64bp一次 2）如GC含量大于50％，则每隔100～200bp才会出现1个终止密码子 3）随