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ANTHEPROT 4.3使用说明 蛋白质的研究是生物化学领域一个非常重要的部分。近年来，通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白序列数据，但是，面对如此众多的蛋白质序列数据，其分析工作是一个非常困难的工作。用人工的方法是不可能完成如此大量的分析工作的。运用计算机，利用一定的运算规则，进行蛋白序列分析是唯一的方法。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3正是这样的一个程序。 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。 软件分为三个版本，分别用于Unix系统，DOS系统与WINDOWS95或98系统，这里以用于WINDOWS系统的版本为例，介绍一下这个软件的基本用法。 软件包为一个自解压执行文件，文件名Anthe4_3c.exe，大小为1.9兆。执行此文件，输入解压后存放的目录名，便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthewin，在桌面上建立它的快捷图标，双击快捷图标便打开了ANTHEPROT 4.3主窗口。 通过主程序，我们可以载入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作，更重要的是，我们可以在此调用各种所需的分析工具，对蛋白序列进行分析。 一． 序列编辑功能 ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列编辑窗口： 可以使用 按键或菜单中的File/Open命令打开各种序列文件，程序识别的文件类型包括： 单序列文件格式：*.SEQ， 含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件：*.BAS， ClustalV 或ClustalW 文件：*.ALN ， 含有多队列的Multalin 4.1格式文件：*.MUL， 在Prosite 蛋白数据库中查寻出Site结果的文件：*.SIT， 蛋白质原子空间结构的PDB格式文件：*.PDB； 使用IBCP服务器预测蛋白二级结构所获得的结果文件格式：*.CNS； 序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入，或者以*.SEQ等文件格式载入，也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为Pearson/Fasta格式，为文本格式文件，带有开始的为序列蛋白的名称，其后便是蛋白序列。 下面为一个此格式的例子： MBN VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDL KKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGD FGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG 程序支持的一些编辑功能如下： 取消，恢复（Undo）：Ctrl+Z。 查找Ctrl+T。 支持复制与粘贴。 可以自定义字符颜色，背景色与打印字体。 可打印序列文件。 输入或载入序列后，便同时打开了一个图像窗口，以彩图的形式显示出蛋白序列。不同的蛋白残基以不同的颜色表示。下面便是打开一个序列后的主程序窗口的例子： 二．工具栏与基本功能 当序列格式识别后，Methods菜单便被激活，相应的快捷按键也出现在工具栏中。 这些按键依次为： 打开文件按键 ； 存储文件按键 ； 打印按键 ； 更改字体与格式按键 ； 更改设定颜色按键 ； 进行蛋白序列二级结构预测 ； 在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列 ； 绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线 ； 在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列 ； 计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成 ； 计算蛋白序列滴定曲线与等电点 ； 选定一个片段后，绘制Helical Wheel图 ； 进行点阵图（Dot Plot）分析 ； 计算信号肽潜在的断裂位点 ； 打开一个简单的帮助文件 ； 退出程序 。 三．基本分析工具介绍 除了通过单击快捷按键的方式进行各种蛋白序列分析，通过菜单进行各种操作也非常方便。下面是一些主要分析工具的功能介绍： 1. 点阵图（Dot Plot） 只有当程序载入一条序列时，才可以激活Dot Plot程序，选择菜单命令Dot Plot或单击按键 ，运行Dot Plot程序，可再选择要进行比较的第二条序列。然后，再确定参数与限制条件，包括： 窗口尺寸：移动片段的长度 矩阵：选择替代矩阵 下图为含有两个蛋白酶序