Chimera-开始教程-MenuVersion.docVIP

Chimera UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析。主要包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。学术，政府和非营利机构和个人使用者可以免费下载。Chimera由Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics发展，由National Center for Research Resources资助（grant P41-RR001081） 教程 开始教程 - Menu Version Chimera的很多工作都可以用多种方法完成。例如：颜色和显示模式（display style）可以用动作菜单（actions）或者输入命令行（commands）。一般来说, 命令行更详细，功能更强大，而菜单操作则不需要命令行知识和它们的语法规则就可以易于掌握软件特征。 本教程中，在开始教程-命令行 Version中，采用命令行执行的很多相同任务在此使用菜单代替。 为了继续进行下去，请先下载本教程需要的PDB文件到你电脑中的方便位置。 1zik.pdb - leucine zipper 1d86.pdb - DNA and 纺锤菌素 菜单, Part 1 –操作，选择和链 Windows/Mac系统, 点击chimera图标; UNIX系统, 从系统提示符开启Chimera: unix: chimera 然后，闪现一个欢迎界面，几秒后被Chimera主窗口取代。如果你喜欢，通过拖拽窗口右下角来改变Chimera的大小。 现在打开一个结构。从菜单中选择File... Open ，用产生的 file browser 找出并打开以前下载的（ previously downloaded）文件1zik.pdb (文件类型设为all (guess type) 或者 PDB). 此结构是一个由两个肽链形成的Leucine zipper。 预设（preset）是预先设定的显示设置的组合。应用交互式预设#2，显示所有原子，用元素给杂原子上色。 Presets... Interactive 2 (all atoms) 使用Favorites菜单来显示 Side View. 通过点击顶栏并拖拽，每一个窗口或者工具均可以移动到方便的位置。 Side View 允许交互式的缩放 (zooming)和clipping. 它显示了一个结构的微缩版本。在Side View中，试着用鼠标左键移动眼睛位置（小正方形）和clipping 平面(竖直线)。Side View会在移动后使之重新正常化。结果使得眼睛或者 clipping plane 位置可能看起来 弹回去了, 但是你的调整已经生效了。 试着在窗口中用鼠标移动结构. 默认情况下,左键按钮控制旋转，鼠标中建控制XY平面平移。按照本教程需要，在图形窗口和Side View中用鼠标连续移动和缩放结构。 把鼠标光标停在一个原子或者键上面（不要点击任何键），将会在一个冒出的“气球”中显示标识信息，当光标移走后，气球就会消失。 在Chimera中, selection 指定原子、键、残基等等.用于在动作菜单（Actions menu）中接下来的操作。 selection的方法包括使用 Select menu 或者从屏幕中选取。 Actions menu 应用于选择的部分，但是当什么都不选择时，Actions menu应用于所有原子。 隐藏水分子（红点）: Select... Structure... solventActions... Atoms/Bonds... hide 另外一种选择水分子的方法，使用Select... Residue... HOH. 即使水分子被隐藏，其实仍旧被选定。 取消选择，只显示主链轮廓（chain trace） Select... Clear SelectionActions... Atoms/Bonds... backbone only... chain trace 链的轮廓只包括α-碳原子 (原子名称： CA), 以残基连接相同的方式连接。 默认情况下, 当按下Ctrl键，同时用鼠标左键点击你感兴趣的原子或者键。要添加到已经存在的选择，需要同时按下Shift键。试着选择两个原子，每一个来自不同肽链（首先，ctrl-点击第一个，然后， Ctrl-Shift-点击第二个). 选择的原子用绿色标记。其内容会在主窗口的右下角的按钮上报告。 标记你已经选择的原子。首先用原子名称，然后用残基名称和序号。 Actions... L