常用的生物信息学软件的介绍和文献依据详解.docx

名称 简介 参考文献 备注 ALINE ?一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器?? AMDA 用于自动微阵列数据分析的一个R包?? AmiGO 访问本体论和注释数据?? AnnotationSketch 基因组注释绘图库，基因组特征可视化?? Arcadia 代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示? ArchTEx 下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化? ArrayExpress 将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中? ArrayExpressHTS 用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程? arrayMagic 双色cDNA微阵列质控和预处理? arrayQCplot 用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件? BALL 生物化学算法库? BALLView 用于分子建模研究和教育的一个工具? BamTools 分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包? Batch Blast?Extractor 批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序? BayesPeak 分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别? BEDTools 比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件? BEST 结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序? BIGpre 一个下一代测序数据质量评估程序包? BiNGO 一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件? Bio++ 用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库? BioCoder 一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言? BioJava Java语言编写的一个生物信息学开源框架? biomaRt 生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连接? Biopython 适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具? BioRuby 适用于Ruby编程语言的生物信息学软件? BioWarehouse 一个生物信息学数据仓库整合工具包? birgHPC 为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版? Biskit python编写的一个结构生物信息学软件平台（库）? BisoGenet 一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件? BlastR 非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索? Bowtie 比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序? Bpipe 一个运行和管理生物信息学流程的工具? BRAT 重亚硫酸盐处理的片段分析工具? BRAT-BW 重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对? Brian 一个Python编写的脉冲神经网络模拟器? BSMAP 全基因组重亚硫酸盐测序比对程序? BugView 用于比较基因组的一个浏览器，Java编写? Caryoscope 在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个开源Java应用程序? CEAS 顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释? CentiLib 网络中心性的综合分析和探索? Cerebral 一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件? ChemmineR 一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架? ChIPDiff 从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别的一种HMM方法? ChIPMunk ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘? ChIP