研究生专题关联分析.pptVIP

* * 影响关联分析的因素 LD 是关联分析的基础和前提,决定关联分析的精度和所选用标记的数量、密度，以及试验方案有关。 在全基因组扫描时，需要大量分子标记，据估计： 人类基因组进行全基因组的LD分析大约需要70 000个标记， 拟南芥需要6 000个标记， 玉米农家种则需要750 000个标记， 优良玉米自交系只需要50 000个标记。 五 影响关联分析的因素及解决策略 * * 群体结构指的是一个群体内存在亚群的情况。亚群的混合使整个群体的LD 强度增强,可能导致不连锁的基因多态性位点与性状的关联，从而得出假阳性结果。 假关联：位于不同染色体上的标记与性状存在关联。 五 影响关联分析的因素及解决策略 * * 解决策略 选择LD 程度高的群体进行全基因组关联分析，可减少使用的标记数量。 连锁分析和关联分析相结合对特定位点进行研究。根据连锁分析的结果，选择效应值比较大的位点，利用更多的标记进行LD 分析，对目标位点进行精细定位，然后根据已知基因组的信息选择适当的候选基因进行关联分析。 用实验设计和多种统计方法消除群体结构引起的假阳性。 * * 六 关联分析相关的软件 * * * * * * Spend a lot of time on this slide * * * * 不同玉米基因LD衰减距离不同 r2 * * B. 瓶颈效应、奠基者效应和遗传漂变增加LD 瓶颈效应使群体