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blast提取基因序列的方法
Blast提取基因序列
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询
BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
BLAST的操作流程
建立数据库 → 选择要对比提取的基因序列 →从开始输入cmd进入dos系统→进入blast软件所在文件夹→建立索引查询同源核苷酸→提取核苷酸序列
数据库的建立
从NCBI下载兰科编码基因序列 （63条）
建立一个faste格式文件
将下载的兰科编码基因序列依次粘贴在faste文件中，构成兰科编码基因数据库
选择要对比提取的序列
选择一个基因比较完整的序列作为模板序列
将单个基因序列复制在一个新的faste格式文件
将文件命名为基因的名字
cmd进入dos系统
输入命令提取基因序列
结果输出
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