Chimera-顺序和结构教程.doc

顺序和结构教程 本教程介绍使用Multalign Viewer 处理顺序排列和相关结构。数据选自enolase 家族: The enolase superfamily: a general strategy for enzyme-catalyzed abstraction of the alpha-protons of carboxylic acids. Babbitt PC, Hasson MS, Wedekind JE, Palmer DR, Barrett WC, Reed GH, Rayment I, Ringe D, Kenyon GL, Gerlt JA. Biochemistry. 1996 Dec 24;35(51):16489-501. 接下来下载顺序排列文件super8.msf 到一个方便的位置。本顺序排列包括含有8个enolase超家族成员的barrel域 domains。 Windows/Mac系统,点击chimera 图标； UNIX系统,从系统提示符开启Chimera : unix: chimera 一个splash屏幕将会出现，几秒后被Chimera主窗口代替。选择File... Open,然后寻找并打开super8.msf. 开启一个sequence alignment file自动开始了 Multalign Viewer，用它显示排列。 Multalign Viewer有其独立的参数设置，包括几个控制显示。从排列窗口菜单，选择Preferences... Appearance 调整Multiple alignments 的line-wrapping behavior, font,和color scheme到你的要求。关闭preferences对话框。 改变顺序敞口的尺寸和放置使其均可见。如果顺序窗口变得在任何点都模糊，可以从Chimera Tools 菜单增加。(Tools... MAV - super8.msf... Raise). Multalign Viewer sequence window 序列名称显示于左边，Consensus sequence和 Conservation histogram 显示于顺序的上面。Consensus序列的红色大些字母表明几个位置中所有的序列都有相同类型的残基。 排列的第一个序列，即mr, 对应于Pseudomonas putida 得到的mandelate racemase的 barrel域。排列中最后一个序列的上面，即enolyeast, 对应于Saccharomyces cerevisiae 中得到的enolase 的barrel域。蛋白数据库中，对每一个这些顺序都有几个结构； 本教程使用2mnr (mandelate racemase) 和4enl (enolase)。 如果有互联网连接，可以直接从蛋白数据库（Protein Data Bank）得到结构。从Chimera主窗口选择 File... Fetch by ID ，在随后的对话框中，选中PDB 选项 (如果以前没有选中的话)和Keep dialog up after Fetch。 取回2mnr, 和 4enl, 然后 Close对话框。如果你没有联网，直接下载本教程包含的文件2mnr.pdb和 4enl.pdb，用File... Open打开他们。 景象最初居中于白色蛋白的中心，mandelate racemase的结构。而enolase的结构颜色为magenta，则在边外，可能超出了视野。使用菜单使所有分子都在视野范围以内： Actions... Focus Apply the ribbons 应用预设值preset为飘带 (可能改变或者不改变外表，取决于你个人的设置)： Presets... Interactive 1 (ribbons) 在教程使用过程中移动和缩放结构到你需要的位置。注意在序列窗口中，序列名为 sequence window after structure association mr 和enolyeast 用粗体现在分别显示于白色和magenta的格子中。每一个结构自动联系它的最匹配的顺序，颜色标明pairing。 Association允许几个类型的交叉对话，下面将会更详细的探讨： selecting in the sequence window 选择结构中的残基和vice versa 序列得到的信息可以显示于结构和vice versa上。 使用序列排列可以叠加结构。 Association 容许一些不匹配，这些不匹配对于用mutants很重要，关闭homologs, 和部分序列和/或者结构。 Association t