多态性与疾病关联及meta程序.ppt

应用Stata软件实现SNPs与疾病易感性研究的 Meta分析 SNP 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是基因组突变最常见的形式，是指单个碱基（A, T, C, G）的替换。 包括转换（同类碱基间的变化，如A/G，C/T）和颠换（不同类型碱基间的变化，如A/C，G/T）。 狭义的SNP指次等位基因频率（minor allele frequency, MAF）大于0.01的单碱基突变。 广义SNP包含MAF小于0.01的单碱基突变。在NCBI数据库dbSNP中注册的广义SNP超过1300万个。 常见SNP（common SNP）指MAF大于0.05的SNP，估计在人类基因组中大于700万个。 现在，被dbSNP数据库收录的每一个SNP均会被分配给一个不重复的，以rs加上阿拉伯数字组成的号码，如rs2120243。 检索SNP最常用的网站是dbSNP数据库：/projects/SNP和HapMap网站： 基因-疾病关联研究的meta分析 使用stata 软件进行meta分析的方法 1. Idea的确立。 2. 文献检索：pubmed, embase, cochrane, CNKI等。 3. 文献质量评估：Newcastle-Ottawa Scale (NOS)，CASP清单等。 4. 得到合格研究，从中提取有用数据，主要是基因型分布情况（AA，AB，BB）。 5.检验对照组基因型分布是否符合哈迪-温伯格平衡律(Hardy-Weinberg Equilibrium) 。 6. 寻找最适合的遗传模型(dominant, heterozygote, dominant , recessive, allele model)。 7. 利用stata软件进行分析。 8. 对结果进行解释。 Association of Vitamin D Receptor Cdx-2 PolymorphismWith Cancer Risk-A Meta-Analysis Medicine (Baltimore).?2015 Aug;94(33):e1370. doi: 10.1097/MD.0000000000001370. Association of Vitamin D Receptor Cdx-2 PolymorphismWith Cancer Risk-A Meta-Analysis Medicine (Baltimore).?2015 Aug;94(33):e1370. doi: 10.1097/MD.0000000000001370. Stata软件数据录入excel Stata软件数据录入 Stata软件数据录入命令 1.模块下载：ssc install metan/metabias/metaninf; 2. Stata 命令的基本语法格式: [ 特殊选项] 关键词, 命令参数[ 命令选项]; 3.metan命令(SNP)：metan aa1 gg1 aa2 gg2, or random label(namevar=study) xlabel( 0.5,1, 10) texts(110); 4.常用的命令参数选项： lable(...)指定研究的标签, xlabel(...) 定义x轴标,by(…) 指定分组变量，常用于亚组分析中… metan aa1 gg1 aa2 gg2, or random label(namevar=study) xlabel( 0.5,1, 10) texts(110) 检验发表偏倚 Stata 命令如下: generate logor=log( _ES) generate selogor= _selogES metabias6 logor selogor, graph(begg) gweight 发表偏倚结果 发表偏倚漏斗图分析 敏感性分析 Meta回归分析寻找研究异质性来源 * *