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Gromacs online 教程上面的一个关于speptide的模拟的教程： 模拟的对象是一种由胰脏分泌的消化酶Ribonuclease A被subtilisin（枯草杆菌蛋白酶）切割后产生的S多肽复合物，叫Ribonuclease S-peptide，具有催化活性。由于Ribonuclease S-peptide这种小的肽链在水溶液中含有大量的alpha螺旋结构，所以针对这种小肽链人们展开了很多实验和理论方面的研究。 关于s－peptide的所有文件都在目录 tutor/speptide之中。我们可以从蛋白数据文库当中获得所需的关于s-peptide的初始结构的文件。事实上，Ribonuclease S有很多的结构，我们只从中挑选了一个结构，取其头20个残基作为切割后的s－peptide的结构存入184speptide.pdb文件中。可以用命令 more speptide.pdb 来浏览pdb文件的内容。 如果有像rasmol这样的分子作图程序，还可以将分子在屏幕上显示出来： rasmol speptide.pdb 用Gromacs进行分子动力学模拟的七个必要步骤： 将pdb文件转换成一个Gromacs结构文件（.gro）和一个Gromacs拓扑文件（.top）； 将蛋白（多肽）溶解(in water)； 能量最小化； 加上必须的离子（对于speptide而言这步可以省略。）；