HyperChem应用实例解释.docVIP

水中质子的从头计算用explicit hydrogens画H3O+:1. 在Build菜单选择Explicit Hydrogens。2．选择Allow Ions。3. 在Display菜单选择Labels打开Labels对话框。4. 选择Symbols单击OK。5. 在Build菜单选择Default Element打开周期表，设置氧元素为缺省元素。6. 左键单击Drawing工具。画H3O+1. 左键单击工作区创建氧原子。2. 从氧原子画三个价键得到H3O。在量子力学计算中添加正电荷：1. 在Setup菜单选择Ab Initio。2. 单击Options按钮。3. 设置总电荷（Total charge）值为1，单击OK关闭Options对话框。4. 单击OK按钮关闭Ab Initio对话框。这样就得到了H3O+。选择基组1. 在Setup菜单选择Ab Initio。2. 为基组选择Other。3. 按下Assign Other Basis Set按钮。4. 从列表中选择4-31G单击OK。5. 为基组选择Minimal (STO-3G)。6. 选择Apply Basis Set接着单击OK，或者直接选择OK关闭Ab Initio对话框。观察每个原子应用的基组：1. 在Display菜单选择Labels。2. 选择Basis Set，单击OK。最小化能量结构计算H3O+的几何优化：1. 从Setup菜单选择Ab Initio。2. 单击Options按钮，保证Total charge = 1，Spin multiplicity = 1， Spin pairing = RHF，Conver-gence limit = 0.01，Iteration limit = 50，Accelerate conver-gence= Yes，为几何优化选择合适的选项。Single Point only选项在几何优化中不起作用，因而可以是任何值。3. 左键单击OK关闭Options对话框和Ab Initio对话框。4. 从Compute菜单中选择Geometry Optimization。5. 选择Polak-Ribiere作为几何优化方法，RMS gradient值为0.1，左键单击OK开始几何优化。H3O+优化结果为键角113.74度键长0.99埃。计算优化后H3O+包括相关能的总能量：1. 从setup菜单选择Ab Initio，选择Options按钮并选择计算MP2 correlation energy，依次单击OK关闭对话框。2. 从Compute菜单中选择Single Point。计算结果：用STO-3G基组计算H3O+总能量，在SCF级别为为-47270.57 kcal/mol，在MP2级别为-47300.98，包括了-30.50 kcal/mol相关能。质子能量计算H2O + H+优化的STO-3G能量：1. 选择 Drawing工具，右键单击H3O+中的一个氢，把它删除形成H2O。H +的电能是零，所以计算H2O的质子能量从H2O能量中减去前面计算的H3O+能量。2. 从Setup菜单选择Ab Initio，选择Options按钮，把Total charge从1 改变成0，接着依次单击OK关闭这些对话框。3. 从compute菜单选择Geometry Optimization优化H2O，就像前面优化H3O+一样。优化结果为键角100.00度，键长0.99埃。用STO-3G基组计算H2O总能量，在SCF级别为为-47041.82 kcal/mol，在MP2级别为-47066.21 kcal/mol，包括了计算的-24.45 kcal/mol相关能。得到质子能量在SCF 级别为228.75 kcal/mol ，在MP2级别为234.77 kcal/mol。氨振动态和转动态的从头计算构造氨：1. 左键单击Build菜单的Explicit Hydrogens使其不被选择。2. 在Build菜单选择Default Element。3. 把缺省元素设置为N。4. 左键单击Drawing工具。5. 左键单击工作区，建立一个N原子。6. 在Build菜单选择Add H和Model Build，构造NH3。选择基组1. 在Display菜单选择Labels。2. 选择原子标志为Basis Set并单击OK关闭对话框。原子标志显示为当前的基组。目前的显示是None。3. 从Setup菜单选择Ab Initio。4. 为基组选择Small (3-21G)接着单击Apply Basis Set。选择OK。这是每个原子