第十章 基因组学、蛋白质组学和生物信息学.pptVIP

第十二章 基因组学、蛋白质组学和生物信息学 基因组学研究并解析生物体整个基因组的所有遗传信息。 基因组（genome）是细胞或生物体的一套完整的单倍体遗传物质，是所有不同染色体上全部基因和基因间的DNA的总和。分为 核基因组、核外基因组 基因组学研究方法：SAGE、DNA chips等 人 类 基 因 组计划  第二代DNA遗传标记利用了存在于人类基因组中的大量重复序列，包括重复单位长度在5-20个核苷酸左右的小卫星DNA（minisatellite DNA），重复单位长度在2-6个核苷酸之间的微卫星DNA（microsatellite DNA），后者又称为简短串联重复（STR、SSR）。STR有两个最突出的优点，即作为遗传标记的“多态性”与“高频率”。STR的存在，为遗传图的绘制提供了大量可用的遗传标记。采用聚合酶链反应（PCR）技术，以STR两侧的基因作定点标记的完整连锁图，已于1996年绘成，相邻标记间的平均距离仅0.7厘摩。 第三代DNA遗传标记，可能也是最好的遗传标记，是分散于基因组中的单个碱基的差异。这种差异包括单个碱基的缺失和插入，但更常见的是单个核苷酸的替换，即单核苷酸的多态性（SNP，single nucleotide polymorphism）。 “遗传图”的建立为人类疾病相关基因的分离克隆奠定了基础。拥有5000多个遗传学位点，相当于把整个人类基因组划分为5000多个小区，并分别设置了“标牌”。这些标牌将在搜索功能基因的过程中发挥独特的作用。把多态性的疾病基因位点（该位点至少包括“正常”及“致病” 两个等位基因）与上述遗传标记进行分析比较时，如果在家系中证实该基因与某个标记不连锁（重组率为50%），表明该基因不在这一标记附近；如果发现该基因与某个标记有一定程度的“连锁”（重组率小于50%但大于0），表明它可能位于这个标记附近；如果该基因与某标记间不发生重组（重组率等于0），我们就推测该标记与所研究的疾病基因可能非常接近。 生 物 信 息 学Bioinformatics 1、概述 生物信息学（Bioinformatics）是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，进而达到揭示这些数据所蕴含的生物学意义的目的。 两个推动力：HGP、生物医药工业 生物信息学的发展历程 生物信息学自诞生以来，经历了三个阶段： 基因组前期的生物信息学：主要是序列分析、数据库的查询、计算机操作和PC的应用； 基因组年代的生物信息学：主要是基因的寻找、数据与数据之间的比较、网络相互界面（Interface）； 后基因组年代的生物信息学：主要是数据的挖掘、表达、数据多样性的分析、相互交叉数据分布的总结与分析。其研究的内容不仅包括基因的查寻和同源性分析；而且进一步到基因和基因组的功能分析，即所谓的功能基因组学研究。 国外发展现状 欧美各国及日本相继成立了生物信息中心，如美国的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Informatics，NCBI）、欧洲生物信息学研究所 European Bioinformatic Institute，EBI 、日本信息生物学中心（Center for Information Biology，CIB）等。NCBI、EBI和CIB相互合作，共同维护着GenBank、EMBL、DDBJ三大基因序列数据库。它们每天通过计算机网络互相交换数据，使得三个数据库能同时获得最新数据。此外，他们每年召开两个年会讨论合作事宜。 国内的一些科研单位 清华大学在基因调控及基因功能分析、蛋白质二级结构预测方面、天津大学物理系和中科院理论物理所在相关算法方面、中科院生物物理所在基因组大规模测序数据的组装和标识方面、北京大学化学学院物理化学研究所在蛋白质分子设计方面、华大基因组研究中心（中科院遗传所人类基因组研究中心）在大规模测序数据处理自动化流程体系及数据库系统建立方面均已展开相关研究。北京大学已建立了EMBL中国镜像数据库，将该数据库移植到中国本地，并提供部分的检索服务http：//www.I/mirror/mirror.html；http：//www.E）；复旦大学遗传学研究所为克隆新基因而建立的一整套生物信息系统也已初具规模；中科院上海生化所、生物物理所等单位在结构生物学和基因预测研究方面也有相当的基础。 二、 研究内容 生物信息的收集、存储和管理 基因组序列信息的提取和分析 序列的注释和比对：两个序列的比对：BLAST和FASTA；多序列比对：ClustW 序列的拼接 基因区域的预测：外元、启动子、拼接位点 基因的电子克隆；拼接EST序列 非编码区分析和DNA语言的研究