蛋白质蛋白质相互作用详解.ppt

生物信息学面临的挑战 已经有超过1000个物种的基因组已经完成测序——如何进行数据的分析与整合 在多数的物种中只有大约45%的基因通过同源序列获得注释信息 那些非同源基因可能与物种特异的表型相关? 它们将成为最重要的研究项目之一 蛋白质相互作用研究方法 实验方法 计算方法 实验方法 免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation） 酵母双杂交(Yeast two hybrid) 噬菌体展示（Phage display） 亲和层析和质谱（Affinity purification mass spectrometry） 蛋白芯片（Protein chip） 免疫共沉淀 将相互作用蛋白其中的一个通过抗体连接在固体颗粒上，与之相互作用的蛋白就能通过免疫共沉淀的方法沉淀出来。 酵母双杂交 高通量的酵母双杂交 果蝇: Science Vol.302, 1727-1736, 2003 Genome Research Vol.15, 376- 384, 2005 线虫 : Science Vol. 303(5657):540-3, 2004 酵母 Nature Vol. 425, 686-691,2003 Phage Display (1) 噬菌体是一种仅感染细菌的病毒。它由两部分构成：遗传物质和蛋白质外壳。 噬菌体中的基因3能够利用细菌的翻译系统生产噬菌体蛋白质外壳一端的组分。 Phage Display (2) 噬菌体展示通过在基因3位点插入新的核酸序列能够在噬菌体的表面展示新的蛋白或肽段。 Phage Display (3) 这些噬菌体群体能够展示十亿种以上的蛋白或肽段，这个群体被称为噬菌体展示文库，每个展示的蛋白或肽段都对应于一段基因序列。 将噬菌体文库与固定在固定相上的的目标蛋白混合，能够与目标蛋白相互作用的展示蛋白或肽段将结合到这些目标蛋白上。洗脱非特异结合噬菌体，对结合的噬菌体插入序列进行测序，则能知道该相互作用的蛋白或序列是由哪些核酸编码。进而可以克隆该基因。 亲和纯化和质谱 鉴定能够相互作用形成复合体的蛋白 把一个配体通过化学交联的方法结合在固相载体上，让蛋白混合液流过固相载体，能够与配体结合的分子具有较高的亲和力，通过适当的洗脱条件将亲和力弱的分子洗脱掉，这样与配体亲和力较高的分子就被纯化了出来。 纯化出的分子随后用凝胶电泳的方法分离，用质谱的方法鉴定是什么蛋白。 蛋白质芯片 PPI of Drosophila (1) PPI of Drosophila (2) 蛋白质相互作用的实验方法 酵母双杂交 蛋白复合体纯化技术及质谱 蛋白芯片 杂交技术 利用计算的方法预测蛋白-蛋白相互作用 基于结构的预测 基于序列的预测 相互作用的直系同源蛋白 相互作用的结构域对 基于基因组的预测 基因位点的上下文 基因临近 聚集 分散 基因融合 (Rosetta-Stone method ) 电子双杂交 系统发育上下文 系统发生谱方法 系统树相近 (Mirror tree) 基因表达: mRNA共表达 一些重要的概念 Ortholog: 直系同源，是指不同物种中来自同一个祖先的基因和蛋白质。 意义：直系同源在各种物种进化中保持相同的功能。information from one member to the others. Paralogs: 旁系同源，指的是一个物种内通过基因重复而产生的基因或蛋白质， 意义：旁系同源在进化中可以形成新的功能 基于结构的预测 基于序列的预测 相互作用直系同源蛋白 假如A蛋白与B蛋白相互作用，在在其它物种中A与B的直系同源蛋白可能会相互作用 基因组临近/基因临近(2) 系统发育谱（phylogenetic profiles ）的概念 假定有四个基因组，每个上面都有几个蛋白标记为P1，……P7。在该基因组上是否存在其中的一个蛋白分别用1或0表示。具有相同系统发育谱的蛋白被放在一个方框内，系统发育谱差一位的用线连接。结果是具有相同系统发生谱的P2和P7以及P3和P6具有功能相关性。 利用这种方法分析蛋白的功能相关性，不需要序列的相似性。 系统发育谱方法中的两个重要因子 参考基因组的选择 同源的定义 在已发表的文章中，利用这种方法研究蛋白质相互作用还没有人系统的研究过不同的基因组组合以及E值的阈值对结果的准确性以及蛋白覆盖率的影响。 方法 研究设计 1. 目标基因组和参考基因组 (163 个具有全基因组信息的物种) 按照系统发育关系分成 9组(18 个物种, 35 个物种, 55 个物种, 65 个物种, 86 个物种, 106 个物种，128 个物种, 145个物种及162个物种) 2. 同源性的定义