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SDS-PAGE13cm
SDS
凝胶制备
准备洁净的玻璃板、灌胶槽、隔板、无尘擦拭纸等试剂;
将玻璃板、隔板依次放进灌胶槽,安装好堵漏、固定螺丝等以确保不会发生渗漏,将灌胶槽放置水平面上等待灌胶;
进行双向电泳,常规选择12.5%的SDS胶,按照前述配方首先将Monomer stock solution、Tris-HCl、SDS、Milli-Q水混合,避光条件下在磁力搅拌器上边搅拌边使用负压抽气15分钟,再加入APS和TEMED搅拌混匀;
将混合均匀的凝胶溶液缓缓注入灌胶槽,液面高度至玻璃板上缘5-10mm,避免产生气泡;
在胶液面上缓缓加入水饱和正丁醇(Water saturated butanol)将胶面压平,灌好的凝胶在室温静置10 ~ 12个小时待其充分聚合;
为慎重起见,进行第二向电泳前,先观察凝胶是否聚合均匀、胶面是否平整、有无气泡等,再开始准备下一步实验。
IPG胶条的平衡
分别配制每10ml含有DTT 100mg或IAA 250mg的SDS equilibration buffer;
第一步平衡,在每个装IPG胶条的平衡管中加入10ml含DTT的SDS equilibration buffer,在轨道摇床上缓慢摇动平衡15 min;
第二步平衡,在每个装IPG胶条的平衡管中加入10ml含IAA的SDS equilibration buffer,在轨道摇床上缓慢摇动平衡15 min。
2-DE的第二向SDS
配制SDS电泳缓冲液:
上槽 cathode :SDS electrophoresis buffer 10× 120ml稀释至700ml,
下槽 anode :SDS electrophoresis buffer 10× 350ml稀释至3500ml;
使用上槽电泳缓冲液配制琼脂糖封胶液(Agarose sealant、Upper chamber agarose sealant)并加热熔解;
用纯水清洗掉SDS凝胶玻璃板上的碎胶和胶面上的水饱和正丁醇,加入上槽电泳缓冲液以平衡胶面;
准备4mm×8mm大小的滤纸片,在上面滴加标准分子量Marker 10μl后备用;
首先将下槽电泳缓冲液约3500ml倒入电泳槽,打开电泳液循环泵和水浴循环泵,将水浴循环温度设置为10℃。
倒去SDS凝胶面上的电泳缓冲液,用滤纸彻底吸干,将温热的Agarose sealant注入胶面上缘空隙直至填满;
平衡好的IPG胶条在上槽电泳缓冲液中略微漂洗一下,剪去两端多余的支持膜,在无尘擦拭纸上沾去多余缓冲液后,水平放置在SDS凝胶上缘并贴紧玻璃背板,用洁净的尺子将胶条压入Agarose sealant,使IPG胶条水平的附在SDS凝胶上缘,如有气泡需挤出;
在IPG胶条旁插入带有标准分子量Marker的滤纸片后,再次用温热的Agarose sealant将胶面上缘因放置IPG胶条而产生的空隙填满;
将放置好IPG胶条的SDS凝胶板依次插入电泳槽,待Agarose sealant冷却凝固后,将上槽(Upper chamber)湿润后水平的压进电泳槽内;
用Upper chamber agarose sealant将上槽与凝胶板的接缝处填充,待凝固后即可较好的防止上、下槽间的渗漏;
缓缓加入少量上槽电泳缓冲液,确认无渗漏后,加入剩余的上槽电泳缓冲液;
接好电泳槽电极,检查无误后打开电泳仪电源,SDS程序设置:
第一步:20mA,15min
第二步:60mA,直至胶内电泳指示剂(Bromophenol blue)跑出凝胶下缘;二向电泳结束后,小心的从电泳槽中取出凝胶板,标记和记录与IPG条相应的二向胶样品编号,需进行染色的凝胶使用专用的尺子将玻璃前板撬开、移去,纯水冲洗掉胶面残留的电泳缓冲液和碎胶后,立即使用染色的固定步骤固定凝胶内的蛋白质斑点;
附表:凝胶配方
Gel Concentration 5% 7.5% 10% 12.5% 15% Monomer stock solution 16.7ml 25ml 33.3ml 41.7ml 50ml Tris-HCl 1.5M, pH8.8 25ml 25ml 25ml 25ml 25ml SDS 10% 1ml 1ml 1ml 1 ml 1ml Milli-Q water 56.8ml 48.5ml 40.2ml 31.8ml 23.5ml Ammonium persulfate 10% 500μl 500μl 500μl 500μl 500μl TEMED 33μl 33μl 33μl 33μl 33μl Total volume 100ml 100ml 100ml 100ml 100ml
LWM配制 0.5% agarose: 0.1g agarose + 20ml上槽电
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