真核生物基因结构的预测分析7.ppt

* NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 * mRNA剪切位点识别：Spidey NCBI开发的在线预测程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey * Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 BLAST比对到的三条mRNA序列 * 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 最小mRNA长度 * Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 供体、受体位点 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 外显子 序号 序列联配结果 * Thanks! * * * * * 1.原核,简单的基因结构 2.真核 3.微生物，原核生物基因组 * * * * 真核生物基因结构的预测分析 动物科技学院 贾 斌 * 基因组序列cDNA序列 编码区预测 Codon bias GC Content 限制性酶切位点 基因结构分析 选择性剪切 转录调控因子 序列比对 功能注释 KEGG GO 系统发育树 蛋白