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基于分子信标的异或门DNA自组装计算模型 【摘要】随着DNA计算研究深入，运用布尔逻辑电路实现DNA计算机已经成为研究的热点。分子信标是近年来备受关注的一种新型DNA探针，它具有高度的特异性和灵敏度。以分子信标作为自组装单元设计出异或门DNA计算模型，是一种新的有效方法。和以往的DNA计算模型相比，该模型操作简单，可靠性高，可重复使用。 【关键词】分子信标；异或门；DNA自组装 一、引言 DNA计算是一种以生物分子DNA作为计算介质，以生化反应作为计算工具的新型计算方法。运用DNA分子的的海量存储能力和高度并行性来构建布尔逻辑电路为DNA计算机的实现奠定了基础。1996年，Ogihara等人首次提出可基于DNA的布尔电路的模拟，并给出了图1所示的逻辑电路的DNA实现方法[1]。不久，Amos等人提出了一种改进的逻辑与非门的DNA计算模型，并且解释了如何通过这种逻辑门实现二阶矩阵的传递闭包的计算[2，3]。此后，Mulawka也提出另一个逻辑与非门的DNA计算模型[4]。但这些方法都存在不能重复利用和基于试管方式的缺点，这不利于大规模布尔逻辑电路的实现。2004年，刘文斌等人提出了一个基于吡啶二聚物的诱导发夹结构的逻辑“与非门”的DNA计算模型，克服了执行完特定运算后逻辑不能重复使用的缺点，但操作过程复杂，随后，他又提出了改进的方法[5，6]。2009年，B.S.E. Zoraida等人提出了一种基于DNA的新颖的广义设计方法和布尔操作的实现[7]。这些实现布尔逻辑运算的方法中大都解决的是与门，或门，与非门，很少提到异或门的解决方法。在前人的基础上，本文提出了一种基于分子信标的自组装方法解决异或门。 二、分子信标和自组装 分子信标是一种发夹结构的寡居核苷酸探针。因其背景信号低，灵敏度高、特异性识别性强、操作简单及均相检测等优点，在短短今年内得到迅速的发展。传统的分子信标由四部分组成：环、茎、荧光基团、猝灭基团。其中，环部是分子信标的识别部分，可以与靶序列自发地进行杂交；茎部是两列互补碱基序列；荧光基团和猝灭基团位于茎的末端。 根据W-C互补配对原则，DNA分子中A-T配对，G-C配对。但是，当有吡啶二聚物分子时，G和G也可以配对。因为吡啶二聚物的两臂上分别有三个氢键结合位点，它们分别和G上的两个氢键结合，这样就出现了G-G配对。利用这一性质，E.Smith等人在镀金的表面设计了一种通过吡啶二聚物分子诱导形成的“发夹”结构的分子信标[8]。它的环部DNA序列长度为16bp，茎部序列为： 5′—AAAGGGTTTGGGT—3′ 3′—TTTGGGAAAGGGA—5′ 其中包含两组—GGG—序列，当在表面添加吡啶二聚物时，在其作用下，G—G自发的配对，使得茎部序列的结合力增强，导致与环部杂交形成的双链解开，从而形成“发夹”结构。当把表面上的吡啶二聚物清洗掉时，“发夹”结构打开。因为吡啶二聚物容易清洗，所以“发夹”结构的形成与打开易于控制，这类似于电子电路的开关。 三、异或门的生物操作 异或门是指当有两个输入时，如果恰有一个输入为1，则输出1，否则为0。换句话说，如果两个输入不同，则异或门输出1。本文通过是否形成发夹结构来判断真值：形成发夹结构为真，即为“1”，否则为“0”。 1.编码 本文的设计是基于固体表面，首先在DNA序列的5′设计一段作为分子臂，用来固定在表面上并起到隔开DNA序列。输入变量的序列U、V和在变量序列两边的长度为l的茎干部位序列S1，S2，S1，S2是含有—GGG—的互补序列，使得在没有吡啶二聚物（Naph.thyridine Dimmer）的条件下，它们不会互补杂交.此外，在设计变量S1，S2及径杆序列时必须满足：径杆序列杂交时的结合力要大于在环部长度为2l的序列杂交时的结合力，而小于长度为4l的序列杂交时的结合力（如图2所示）。这样使得存在吡啶二聚物时S1，S2自发的形成”发夹”结构。 2.异或门操作过程 （1）首先将编码异或门的DNA分子固定在经过化学修饰的固体表面，如图3所示。 （2）当输入Si（i 1，2）时，加入由合成的两端带引物的补链。杂交反应完成后用缓冲液把固体表面冲洗干净。异或门的4种输入情况如图4所示。 （3）在固体表面上加吡啶二聚物。由于G—G碱基互补，第二种情况和第三种情况会形成“发夹”结构，即只有输入为0和1时才会形成”发夹”结构。此时，完成了异或门的真值判定，真值时形成“发夹”结构，否则就是线性双链结构，如图5所示。 四、结论 DNA计算已经成为研究的热门领域，它有可能解决电子计算的瓶颈问题.本文给出了基于分子信标自组装的逻辑异或门的DNA计算模型.和以往模型相比，它提出了一种新的解决分子逻辑门的方法。该方法根据DNA分子间的特异性杂交，可自发地进行，减少了过多的人为因素引起的操作误差，