亚细胞蛋白质组学资料.ppt

授课提纲 第一节 概论 第二节 细胞膜的蛋白质组学研究进展 第三节 高尔基体蛋白质组学研究进展 第四节 核孔复合体蛋白质组学研究进展 第五节 核仁蛋白质组学研究进展 第六节 线粒体蛋白质组学研究进展 第七节 展望 第一节 概论 一、亚细胞蛋白质组学的内涵 亚细胞蛋白质组学(subcellular prote- omics)：针对细胞内不同区域结构功能单位的蛋白质组学研究。 一、亚细胞蛋白质组学的内涵 一、亚细胞蛋白质组学的内涵 二、亚细胞蛋白质组学的意义 富集低丰度蛋白质，完善全细胞蛋白质组 提供蛋白质的亚细胞定位信息 加深对亚细胞组分的结构功能理解 加深对细胞生理分子机制的理解 利于亚细胞蛋白质组的差异表达谱研究 三、亚细胞蛋白质组学的技术基础 1、细胞的破碎：渗透压冲击、超声波震荡、机械力研磨或剪切 3、免疫共沉淀法 (Co-IP) 分离信号复合体 (Signaling complex ) 实验设计思路 亚细胞定位预测的方法的建立包括四个步骤： 四、亚细胞蛋白质组学研究进展 第二节 细胞膜的蛋白质组学研究进展 第三节 高尔基体蛋白质组学研究进展 第四节 核孔复合体蛋白质组学研究进展 第五节 核仁蛋白质组学研究进展 第六节 线粒体蛋白质组学研究 第七节 展 望 第七节 展 望 一、核仁的结构和功能 核仁最主要的功能是核糖体亚基的生物生成，包括rRNA的合成、加工和核糖体亚单位的组装等过程。 其他功能还包括：如信号识别颗粒 (signal recognition particle, SRP)、剪接体中的小核蛋白体和端粒酶等的生成和成熟，以及一些mRNAs和tRNAs的转录后处理以及核输出，并通过扣押机制调控一些特殊调节蛋白质的的活性等。 一、核仁的结构和功能 核仁的主要成分为蛋白质，为核仁干重的80%；RNA为核仁干重10%左右；DNA含量较RNA少；脂类的含量极少。 细胞化学研究法发现核仁中存在碱性磷酸酶、ATP酶等多种酶系。对核仁中蛋白质组成的了解将促进对核仁结构及多种功能的认识。 二、核仁的蛋白质组学研究进展 2002年 Andersen 等联合应用超声波和蔗糖密度梯度离心技术分离纯化出 Hela细胞的核仁，组分蛋白质分别经Tris-甘氨酸、Tris-乙酸盐1D SDS和2D SDS获得最大分离，凝胶切点酶解后应用质谱分析，共鉴定271个基因产物，其中30.5%为新基因产物、22%为核苷酸或核酸结合蛋白质、14%为核糖体蛋白质、9%为RNA修饰酶或相关蛋白质、5%为含具有RNA依赖的ATP酶和螺旋酶活性的蛋白质、5%为分子伴侣蛋白质，另外还有3.5%的翻译因子。 同时，Andersen等采用转录抑制性药物Actinomycin D处理Hela细胞，对比处理组和对照组鉴定出11种蛋白质的丰度在处理组的核仁中有增加。通过荧光定位观察，发现其中部分蛋白在对照组细胞中主要存在于核基质，但经Actinomycin D处理后，移位到了核仁中。 线粒体 (Mitochondrion) 是细胞的动力工厂，哺乳动物呼吸所需要的80％-90％的ATP是由它供给的，而且线粒体也参与细胞凋亡，离子平衡的调节，碳水化合物和脂肪酸的代谢等多种细胞生理病理活动。 Science 于1999年3月发表了“Mitochondrial make a comeback” 专题系列论文，重申线粒体再度成为当前生命科学和分子医学中的热点和前沿。 一、线粒体的结构和功能 线粒体的外形多种多样，如椭圆形、哑铃形、环形、圆柱形等，与细胞类型和所处的生理条件有关，最常见是呈线状或颗粒状。 线粒体的数目在不同类型细胞中差异很大，哺乳动物成熟的红细胞中没有线粒体，一般动物细胞中平均有数百个。 植物细胞中线粒体含量比动物细胞要少，可能与富含叶绿体有关。 线粒体的数目与细胞的生理功能及需求密切相关，需要能量较多的细胞，线粒体的数目也较多。 一、线粒体的结构和功能 电镜下观察，线粒体有着同样的结构，是一个由内外两层单位膜构成的封闭的囊状结构，主要由外膜 (outer membrane)、内膜 (inner membrane)、膜间隙(intermem-brane space)及基质 (matrix)或内室 (inner chamber)组成。 外膜上有排列整齐的筒状圆柱体，其成分为孔蛋白 (porin), 相对分子量为1.0×104 以下的小分子物质均可通过小孔进入膜间隙。内膜对物质的通透性很低，能严格地 控制分子和离子通过，这种“不透性” (imperme-ability) 在