第五章数据库查询和数据库搜索资料.ppt

第五章 数据库搜索 简介 数据库查询（database query） 对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词的匹配与查找 数据库搜索（database search） 通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列 二者区别 主要操作对象：注释信息/序列信息 采用方法手段：关键词匹配/序列比对 主要目的及结果：查找包含注释信息的所有条目/查找具有一定相似性的序列信息 数据库查询系统Entrez 相关背景知识 由NCBI开发，是一个为用户提供访问序列、定位、分类和结构数据的搜索和检索系统 可提供序列和染色体图谱的图形视图 集成了NCBI各种数据库中的信息 提供丰富多样的搜索方式 除了提供数据查询外，还提供生物分子数据分析工具（ORF Finder） 涉及的数据库 PubMed 生物医学文献Medline检索 GenBank 核酸序列数据库 Proteins 蛋白质序列数据库 Structures PDB三维结构数据库 Genomes 基因组数据库 OMIM 人类基因和遗传疾病的分类数据库 Taxonomy 系统分类数据库 LocusLink 基因信息数据库 PopSet 种群亲缘关系核酸序列对比数据库 Entrez特点 使用方便 将序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起 有机结合了数据库和应用