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中 国 科 学 技 术 大 学 2007--2008学年第 1 学期考试试卷 考试科目: 生物信息学 得分:__________ 学生所在系:___________ 姓名:__________ 学号:___________ 一、单项选择题(每题3分，共30分) 1. 下面哪个数据库不属于核酸的三大数据库之一? ( ) A． GenBank B. EBI C. UniProt D. DDBJ 2. 下面哪种算法为双序列比对全局优化算法？ ( ) A. Smith-Waterman算法 B. Gibbs Sampler C. Hidden Markov Model算法 D. Needleman-Wunsch算法 3. 下面哪种工具为多序列比对工具？ ( ) A. MegaBlast B. MEGA 4.0 C. GPS D. POA 4. 双序列比对中，全局与局部的优化算法，其核心思想是 ( ) 利用已知数据作为训练集，利用迭代的算法进行反复计算，使得结果收敛； 根据已知数据，构建PSSM矩阵，再计算Log-odd ratio； 采用动态规划算法，计算最优路径,并以此得到比对结果； 采用邻接法构建进化树，在进化树的指导下进行双序列比对。 5. 下面何种描述适合Baum-Welch算法？ ( ) A. 双序列比对的局部优化算法；B. Motif发现的方法之一 C. 对已知的训练数据，采用Viterbi算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型； D. 对已知的训练数据，采用Smith-Waterman算法计算最佳路径，并重新计算转移概率矩阵，反复计算直至结果收敛，得到优化的HMM模型； 6. 实验学家在大肠杆菌中发现某种基因A，具有重要的转录调控功能，通过Reciprocal Best Hits的方法，实验学家用BLAST发现在人中基因B为基因A的高度相似基因。那么，人中基因A与基因B的关系为 ( ) A．旁系同源物 B. 趋同进化 C. 直系同源物 D. 异同源物 7. 下面不属于多序列比对的算法有 ( ) A. 最大简约法 B. 渐进方法 C. 迭代方法 D. 部分有向图法 8. 下面基于氨基酸的替代模型并进行距离修整的模型有 ( ) A. Jukes-Cantor法 B. Kimura两参数法 C. 泊松校正 D. Nei-Gojobori法 9. 下面不属于构建进化树的方法有 ( ) A. 最大似然性法 B. 最大简约法 C．距离法 D. 点阵法 10. 已知密码子CCT, CCC, CCA, CCG都编码Pro(脯氨酸)，并且仅该四个密码子都编码Pro。对于密码子CCC，其潜在的同义位点数目s与非同义位点数目n为 ( ) A． s=1/3, n=8/3 B. s=1, n=2 C. s=1/4, n=11/4 D. s=1, n=8/3 二、判断题(每题2分，共20分) PAM250矩阵的构建，其基本假设为当序列变化发生期望上的250%的变化时，氨基酸之间替代的关系，因此，Dayhoff等人选择序列相似性极低的序列，以此构建了通用的PAM250矩阵 ( ) 我们通常使用UniProt数据库来查找基因的DNA序列，并得到序列的FASTA格式 ( ) BLAST采用了一种称为“k-tup”的算法，搜索两条序列的对角线两边有限的空间，因此大大节省了计算时间 ( ) 4. MUSCLE是目前被广泛应用的多序列