六核酸序列的一般分析汇编.ppt

序列格式转化 各种软件为了自己的需要，通常对序列格式有一定的要求，给我们的使用带来了一定的困难。格式转换软件可以将不同格式数据转换以方便使用。很多综合性软件可以进行序列格式转换，如DNAstar，seqverter等。 常见序列格式： （1）FASTA格式： 又称Pearson格式。是比较简单而使用最多的序列格式。序列以“”号开头，其后是单行的关于序列的描述信息，最后是序列。 例子： 10KD_VIGUN P18646 vigna unguiculata 10 kda protein precursor MEKKSIAGLCFLFLVLFVAQEVVVQSEAKTCENLVDTYRGPCFTTGSCDDHCKNKEHLLS  （2）plain text格式 是一个形式最简单的格式，没有任何的注释，每行60个字母，使用标准核甘酸符号或标准的氨基酸的单字母符号。例如： MEKKSIAGLCFLFLVLFVAQEVVVQSEAKTCENLVDTYRGPCFTTGSCDDHCKNKEHLLS 最新下载 /download.htm *下载后直接安装即可 序列翻译、ORF查找 对于一条新的核酸序列，除了对数据库进行类似性检索和同源性比较外，还有许多其他分析内容。例如：计算DNA的碱基组成、检索内部重复序列、检索DNA的特殊位点或信号、开放读框的查找、鉴定DNA的编码区和翻译基因序列等。 基因编码区是指可以由核糖体翻译成蛋白质的序列，它的5’端有转录和翻译的起始位点，3’端有终止位点。基因的起始位点通常是ATG，终止位点为TAA、TAG、TGA。 一个起始和终止密码子之间的序列称为一个开放阅读框（Open Reading Frame，简称ORF），它是一个潜在的蛋白质编码区。 序列翻译、ORF查找 Generunner / 在线的ORF finder /gorf/gorf.html Getorf http://cbi.labri.fr/outils/Pise/getorf.html Plotorf http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf.html BestORF /berry.phtml?topic=bestorfgroup=programssubgroup=gfind Generunner 最新下载 / *下载后直接安装即可 *为共享软件 Generunner 功能： 序列编辑与类似序列查找、建立自己的序列数据库进行查找、序列比较、序列翻译、蛋白序列分析等，还包括DNA分析常用到的一些功能，如碱基百分组成、分子量计算等。 /gorf/gorf.html 限制性内切酶是在许多细菌体内发现的能识别和切割外源DNA的核酸酶。细菌自身的DNA因其限制型内切酶的识别位点被相应的DNA甲基化酶所甲基化，而不被内切酶所水解。限制型内切酶的这种作用使之成为遗传工程实验的重要工具酶之一。 从原理来说，引物的设计和分析并不是DNA序列分析的一个基本方法，但是在分子生物学研究中常常需要用到。主要介绍针对PCR的引物设计。 人们总结出来的引物设计的标准有： 引物的长度通常为20-30个碱基 引物避免有发卡结构 引物避免有彼此之间的互补配对 两个引物之间避免有类似序列 引物的特异性：引物与核酸序列数据库的其他序列无明显类似 引物5’端能加上合适的酶切位点。添加酶切位点是将 PCR产物进行亚克隆使用得最多的手段。 引物组成均匀，避免含有相同碱基的多聚体，两个引物的G＋C％含量近似 引物3’端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。 引物设计 可见，引物设计包含序列组成的计算、序列对DNA序列数据库的类似性检索、两个序列的比较、碱基互补配对和发卡结构分析以及酶切位点检索等基本的DNA序列分析过程。事实上，许多PCR引物设计程序会略过或简化上述的某些过程。 Primer Premier 5.0 下载/primerdesign/primerdesign.html 安装 执行安装程序即可 *下载的为demo版，只能对它的示例序列进行操作 在C盘下找到WIN.INI，将vspace=DU改为vspace=PU便可以使用全部功能） Primer Premier 5.0 功能 可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体