生物信息个人整理简答题【参考】.docVIP

1、简述生物信息学产生的历史必然性，以及生物信息学的主要研究内容？（本小题满分20分）【试题集锦】】 】】 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) (4)基序 (motif) 鉴定:CCCH锌指基序 (5)功能预测:通过序列比对，根据序列的保守区域和位点，确定基因所具有的功能 (6)结构预测 简述一下BLAST搜索的基本思想 答:通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。它集中于发现具有较高相似性的局部联配，且局部联配中不能含有空位。 　大多情况下联配分解为若干个明显的HSP（high-score Sequence Pairs),联配时的参数：终止值S、步长参数W和一个阈值t 蛋白质结构预测的意义 见课件P13页，此处不好总结。 分子设计的基本方法是什么？ 答：分子设计是利用蛋白质结构的详细信息和重组DNA技术，对蛋白质分子进行重新设计，定向改造蛋白质的性质，从而获得期望的蛋白质。 基本方法-三个层次： (1）小改：　改变分子内部某个部位的一个或几个残基，不影响蛋白质分子的基本结构。如利用基因点突变技术。 (2）中改：结构域水平改造或变换，如不同结构域联在一起。 (3）大改： 设计和创造自然界并不存在的蛋白质。 11、蛋白质组学研究的技术路线是什么 答：蛋白点分离　→ 　2D电泳 酶解　　　　→ 　蛋白酶酶解成肽片段 MS　　　　 → 　肽序列标签　　　 二维电泳图:蛋白质组研究中的关键技术—双向凝胶电泳 简述基因治疗总体策略是什么 答:(1）基因矫正:对于致病基因中的异常碱基进行精确修复，使其恢复正常功能； (2)基因置换:用正常基因在原位替换致病基因，使细胞DNA完全恢复正常状态； (3)基因增补:将正常基因导入患者体细胞内，使其整合到染色体中一起表达，以补偿缺陷基因的功能 ，但致病基因未去除； (4)基因失活:指将特定的反义核酸导入细胞，通过碱基互补作用与mRNA结合，阻断肿瘤细胞中基因的异常表达，以抗肿瘤、抗病毒。 (5)“自杀基因”的应用:某一基因导入受体细胞后可产生一种酶，可将原无细胞毒性或低毒药物前体转化为细胞毒物质，将受体细胞杀死，这种基因被称为“自杀基因”。将其导入肿瘤细胞后，可将肿瘤细胞杀死。但对正常细胞则无伤害作用。 (6)免疫基因治疗:将某些细胞因子（IL-2、GM-CSF等）基因导入肿瘤患者体内，以增强患者的抵抗力。 (7)耐药基因治疗:在肿瘤化疗过程中， 把产生抗药物毒性的基因导入患者体内，从而使患者能耐受更大剂量的化疗。（主要是前四个） 13、生物信息学研究的基本方法有哪些P4 答：（1）建立生物数据库；（2）数据库检索；（3）序列分析；（4）统计模型；（5）算法。 序列对位排列的主要用途有哪些P108 答：（1）用于系统发育分析；（2）结构预测；（3）序列基序测定；（4）功能预测；（5）数据库搜索。 双向凝胶电泳技术原理P183 答：（1）第一向进行等电聚焦（IEF），蛋白质沿pH梯度分离，至各自的等电点（pI）；（2）随后，再沿另一向进行分子量的分离，即在第一向垂直方向上进行第二向SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS)。 生物信息学的发展经历了哪几个阶段 答：生物信息学的发展经历了3个阶段。 第一个阶段是前基因组时代。这一阶段主要是以各种算法法则的建立、生物数据库的建立以及DNA和蛋白质序列分析为主要工作； 第二阶段是基因组时代。这一阶段以各种基因组计划测序、网络数据库系统的建立和基因寻找为主要工作。 第三阶段是后基因组时代。这一阶段的主要工作是进行大规模基因组分析、蛋白质组分析以及其他各种基因组学研究。 生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向有哪几个方面。 答：生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有： ①各种生物基因组测序及新基因的发现；②单核苷酸多态性（SNP）分析；③基因组非编码区信息结构与分析；④比较基因组学和生物进化研究；⑤蛋白质结构和功能的研究。 3）美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上Entrez系统可以检索的数据库。（NCBI维护的数据库）NCBI的主要工作是在分子水平上应用数学和计算机科学的方法研究基础生物，医学问题。为科学界开发，维护和分享一系列的生物信息数据库；开发和促进生物信息学数据库，数据的储存，交换以及生物学命名规则的标准化。维护的主要数据库包括 答：PubMed、核酸序列数据库GenBank、PROW、三维蛋白质结构分子模型数据库MMDB。 4）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？ 答：相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性