第5章基因组序列诠释5+1强伯勤范例.ppt

第五章 基因组序列诠释 问 题 基因组序列所包含的全部遗传信息是什么？ 基因组作为一个整体如何行使其功能？ 用什么方法寻找基因，研究基因地功能呢？ 1. 寻找基因 1.1 根据开放读框预测基因 ⑴ 起始密码子 ATG 第一个ATG的确定(依据Kozak规则); Kozak规则是基于已知数据的统计结果. 所谓Kozak规则，即第一个ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律. Kozak规则: 若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下： (1)第4位的偏好碱基为G； (2)ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T； (3)在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基； (4)除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基。 信号肽分析软件 (SignalP http://www.cbs.dtu.dk/services/signalP ) 把预测过程中证实含完整mRNA 5’端的序列翻译为蛋白序列; 然后用SignalP软件对前50个氨基酸序列(从第一个ATG对应的甲硫氨酸Met开始)进行评估，如果SignalP分析给出正面结果，则测试序列有可能为信号肽; ⑶ 终止密码子 ⑷ 3’端的