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分子动力学方法研究丙型肝炎HCV NS3/4A对抑制剂TMC-435突变的耐药机制 文献出处（文献太大，传不上去，我把文献出处写上了，方便查阅） 姓名：付健健 学号：2011213047 专业：药物化学 Weiwei Xue,Dabo Pan, Wenqi Zhang,Huanxiang Liu, Xiaojun Yao. Molecular modeling study on the resistance mechanism of HCV NS3/4A serine protease mutants R155K, A156V and D168A to TMC435. Antiviral Research. 2012: 126–137. 2012年，Dabo Pan, Weiwei Xue等相继报道了用Amber 10.0做分子动力学研究TMC-435[45]和ITMN-191[46]酶抑制剂耐药性机制研究结果。现在我介绍的是Dabo Pan, Weiwei Xue等报道用Amber 10.0做分子动力学研究TMC-435酶抑制剂耐药机制的方法。 丙型肝炎呈全球性流行，感染HCV后常呈慢性化，且易使病情进一步发展为肝硬化、肝功能衰竭或肝细胞癌，至今仍缺少理想的治疗药物和方案。HCV NS3蛋白酶在病毒体的成熟和复制中起着重要的作用，是近年来抗丙型肝炎药物研究的重要靶点。 目前己发现一些NS3/NSA4蛋白酶的抑制剂，大多数属于以下3类之一，即:①底物类似物的抑制剂:②含共价丝氨酸环的抑制剂;③类产物抑制剂。其中，第三类中的NS3蛋白酶抑制剂BILN-2061，BILN一2061是世界上首个HCV丝氨酸蛋白酶抑制剂，但由于心脏毒性而停止了临床实验。另外还有Vertex公司的VX950[21]和先灵葆雅的Boceprevir是目前针对HCV靶酶上市的两种药物。 目前处于三期临床的药物有Inter Mune和罗氏的ITMN-191[39]、Tibotec和Medivir的TMC435350[40]以及勃林格的BI201335[41]，这些药物将具有更好的耐受性且使用更方便，比如只需1天用药1次，而Telaprevir须1天用药3次。 下图是要研究的酶抑制剂小分子的结构 图一 HCV NS3/4A酶抑制剂TMC-435的化学结构 虽然小分子HCV NS3/4A酶抑制剂在临床治疗中取得了成功，然而，该类药物在临床前研究及临床治疗中已经出现了耐药现象。在对此进行研究后发现，HCV NS3/4A酶抑制剂与小分子结合的D168、R155位突变是造成HCV酶抑制剂耐药性的重要原因。 分子动力学(molecular dynamics, MD) 模拟和自由能计算已成为研究生物大分子的结构、动力学和热力学性质的重要工具. 分子动力学模拟不仅能给出生物大分子在原子水平上的运动细节, 而且可以提供大分子的位置涨落和构象变化的详细信息, MD 模拟的结果对于理解生物大分子的结构和功能关系具有重要意义. 准确的自由能预测, 能更好地理解生物大分子的结构和功能, 有助于合理的药物设计, 同时也是计算化学的热点和难点之一. 在过去的 20多年中, 人们对自由能计算方法进行了广泛的研究, 提出了多种自由能的计算方法, 其中MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson-Boltzman surface area)方法是目前应用很广的一种基于经验方程的自由能计算方法. 所以本文用分子动力学方法来研究处于三期临床的TMC-435的耐药性机制。下面就此文的方法做一总结 一 初始结构的准备 从网上PDB数据库中下载蛋白受体和配体结合的结构，蛋白ID号为3KEE，在Chimera打开，从复合物中保留配体，存为PDB格式，然后再在moe软件中加氢加电荷 配体需要mol2格式，在Moe软件中做加氢加电荷的处理（加电荷在Moe软件中的操作步骤是：Compute-(partial charges(amber99(apply(OK 处理完后根据要计算的配体保存为mol2文件，名字为：brom.mol2,用Amber10.0里面的Antechamber和Parmchk程序为小分子准备参数，然后载入大分子和小分子的力场，大分子用的力场是FF99SB,小分子的力场是GAFF(General Amber force field).加载完力场后，在Amber10.0的Xleap程序中生成含溶剂水的拓扑参数和坐标文件) 二 分子动力学模拟 分子动力学模拟采用 Amber10.0[15]中的Sander 程序. 先对六个模拟体系在真空中进行优化, 以除去原子间过近的接触, 再在六个模拟体系外加上 1.2 nm 的TIP3P[16] 水分子层