实验9温度对烷烃密度的影响.docxVIP

实验9 温度对烷烃密度的影响一. 实验目的（1）了解分子动力学方法的原理。（2）掌握MS软件的相关操作，熟悉油盒子的构建过程。（3）掌握烷烃密度参数的提取和计算方法。二. 实验内容以正己烷的密度受温度影响为例，展开详述。1. 优化分子结构。（1）构建分子。首先构建正己烷分子，并命名为molecule。 （2）分配力场。利用分子力学方法对分子结构进行优化，首先需要给构建的分子分配力场，选择discover模块中的setup，出现如下对话框：选择Energy，确定Force field选择为compass；选择Typing，点击Calculate，给定分子每个原子力场参数，即分子内及分子间的相互作用势；点击Automation，确认相关选项均选择No；选择Non-Bond，Apply settings to选择vdW﹠Coulomb，Summation method选择Atom based，Quality选择Medium，点击More，cutoff distance选择9.5?；点击Job Control选择My Computer。（3）优化分子。选择discover模块中的Minimizer，出现如下对话框：Method选择Smart Minimizer，Convergence level选择Medium，点击Minimize，开始进行优化。优化完毕后，在Project中会出现文件名