Sanger测序是基因检测的金标准,当前我国“个性化医疗”应优先推广-李甫.docVIP

Sanger测序“精准医疗”首选 Sanger测序是基因检测的金标准，当前我国“个性化医疗”应优先推广 作者：李甫 测序从业15年，资深基因检测专家 单位：北京三博远志生物技术有限责任公司 摘要：上个世纪末90年代，与“曼哈顿原子弹计划”和“阿波罗登月计划”具有同样划时代意义的“人类基因组计划”启动，这是人类第一次在分子水平上全面地认识自我。随着人类基因组计划的开展，人们对基因与疾病的关系认识更加深入，有机会通过对基因缺陷的检测分析来判断各种疾病发生的风险，并由此衍生出一种新的健康服务项目—基因检测。 “个性化医疗” 即“精准医疗”就是指根据病人(或亚健康人)的个人基因组信息，量体裁衣式地制定个性化治疗方案（健康管理方案）。它是由传统医疗联合遗传检测技术，为病人(或亚健康人)量身设计出最佳治疗方案（健康管理方案），以期达到治疗效果最大化和副作用最小化的一门定制医疗模式。 Sanger测序经过38年的发展已相当完善，成本也降低了10倍以上，现在国际上仍然是基因检测行业的金标准和主力军。sanger测序是目前所有基因检测的国际金标准，是包括荧光定量PCR Taqman探针法、普通PCR法、芯片法、二代测序法、质谱法等方法的金标准。 2010年以来，出现了很多新一代测序仪产品，新一代测序成本低、数据大、速度快，但都有待成熟，准确度不够高。临床应用人命关天，精确第一。我们对基因的了解还非常肤浅，有待去挖掘解读，一代测序要发挥精准、成本低的优势用于临床检测和验证，新一代测序要发挥高通量的优势用于研发和大数据的遗传检测。 一代测序技术 （一）、Sanger测序 被检测的DNA碱基顺序依次读出800bp以上，是一代所有测序和新一代所有测序的金标准。代表仪器美国ABI 3730XL，Sanger测序一般医院很少开展，开展的都发公司做。耗时长达 13年之久的人类基因组计划也是依靠Sanger测序法才得以最终完成的。Sanger 测序是针对已知致病基因的突变位点设计引物，进行PCR 扩增直接测序。单个突变点的扩增（包括该位点在内的外显子部分片段的扩增），不必将该点所在基因的全部外显子都扩增。所以单基因或部分基因控制的疾病样本检测，Sanger 测序可以发挥精准和成本低的优势。 ●sanger测序的应用领域： 1、应用于医学测序、健康管理和基因潜力开发的精准检测： 将待检测DNA样本的某一个片段的碱基逐一精确检测，然后与已知的标准样本序列比较，寻找突变，发现突变与疾病（或能力、特点）的关系。包括单基因遗传病检测、易感基因精确筛查、健康能力基因检测、个性化用药精确检测、血液和器官配型基因检测、天赋基因检测、个性特质、性格特点基因检测等。 目前该技术已应用于肿瘤诊断、病情监测、预后和治疗等临床实践中。如p53基因、BRCA基因、APC基因的检测分析，可用于早期发现某些肿瘤的易感人群，如：乳腺癌、结肠癌，对这些人群采取必要的生活方式调整、早期诊断及其它干预措施，从而达到预防医学治未病的效果。Sanger 测序可以助力癌症病人个性化用药，应用Sanger测序法对肿瘤靶向治疗药物相关基因的突变位点进行检测，结果直观、可靠，例如：K-ras基因、C-kit基因、EGFR基因序列的突变检测分析，应该是判断肿瘤患者靶向治疗的有效人群，必不可少的检测项目，例如：非小细胞肺癌，靶向药吉非替尼（易瑞沙）/厄洛替尼（特罗凯）/埃克替尼（凯美纳），用药前需检测EGFR突变，西妥昔单（爱必妥）/帕尼单抗（维克替比），用药前需检测K-ras突变， EGFR突变情况。 Sanger 测序检测不同个体细胞色素P450耐药性基因，可以确定不同人对药物的敏感性和耐受程度，是个人用药剂量确定的重要依据。 国外，Sanger测序技术在临床方面的应用主要有两个途径，即商业化检测试剂盒的应用和CAP认证独立实验室进行相关项目的检测，例如：HIV耐药突变检测试剂盒的商业化。在美国，医学独立实验室必须具有CAP(College of Ameican Pathologists，美国临床实验室／病理学家学会)认证资质，其在法律上是独立的经济实体，有资格进行独立经济核算并承担相应法律责任，在管理体制上独立于医疗机构，能立场公正地提供第三方医学检验，实验室本身对出具的检验报告负责。 发达国家Sanger测序技术已广泛应用于临床相关诊断和治疗中。Sanger测序在我国临床应用较少。 2、为二代和芯片测序验证： 二代和芯片测序结果，需要sanger测序验证，原因请见“Sanger测序与其他测序方法流程、准确度对比”论述。 3、应用于细菌、真菌鉴定： 精确确定细菌、真菌、病毒种属，为微生物开发利用或杀灭提供依据，广泛用于食用菌和益生菌开发利用（例如：食用菌品种开发改良、发酵工业