序列的比对答案.pptVIP

序列比对的目的： 从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以推测他们的结构、功能以及进化上的联系 通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性 相似性：直接的数量关系，如：序列之间相似部分的百分比 同源性：质的判断，两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断 本地运行BLAST 下载（/blast/executables/blast+/LATEST/） 安装（安装到C:\） 数据库的格式化（formatdb） 程序运行（blastall） 本地数据库的构建 查看db文件 数据库的格式化 formatdb命令用于数据库的格式化： formatdb [option1] [option2] [option3]… formatdb常用参数 -i database_name 需要格式化的数据库名称 -p T\F 待格式化数据库的序列类型 （核苷酸选F；蛋白质选T；默认值为T) 例：formatdb -i db -p T 程序运行 blastall命令用于运行五个blast子程序: blastall [option1] [option2] [option3] *可在dos下输入blastall查看各个参数的意义及使用 blastall常用参数 四个必需参数 -p program_name,程序名，根据数据库及搜索文件序列性质进行选择； -d databas