生命情報学-KyotoUniversityBioinformaticsCenter.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 二次構造予測 アミノ酸配列中の各残基が、α、β、それ以外のどれに属するかを予測 でたらめに推定しても、33.3%の的中率 最も高精度なソフトを使えば、70%～80%の的中率 ニューラルネット、HMM、サポートベクタマシンなどの利用 フォールド予測（Fold Recognition） 精密な３次元構造ではなく、だいたいの形（fold)を予測 立体構造は1000種類程度の形に分類される、との予測(Chotia, 1992)に基づく タンパク質スレッディング 立体構造（テンプレート）とアミノ酸配列の間のアラインメント スレッディングとアラインメント スレディング法の分類 プロファイルによるスレッディング 動的計画法で最適解が計算可能 PSI-BLAST 3D-1D法 構造アライメント結果に基づくスレッディング 残基間ポテンシャルによるスレッディング NP困難。ただし、整数計画法などが効果的に適用可能 コンタクトポテンシャル 距離依存ポテンシャル その他のポテンシャル プロファイル アラインメントにおけるスコア行列と類似 スレッディングの場合、残基位置ごとにスコア(位置依存スコア) プロファイルによるアラインメント 動的計画法(DP)により最適解を計算 スコア行列のかわりにプロファ