蛋白质结构测定、预测和转换.docVIP

蛋白质结构: 蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链，但是天然蛋白质分子并不是走向随机的松散多肽链。每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构，这种三维结构通常被称为蛋白质的构象，即蛋白质的结构。 蛋白质结构现在的研究动态 每一种天然蛋白质都有自己特定的空间结构，而研究蛋白质的特定空间结构及结构的特定运 动与其生物学功能的关系对阐述生命现象具有重要意义！ 蛋白质的序列结构的研究测定 经典的蛋白质的氨基酸序列分析方法有两种： 1液相蛋白质序列仪 2固相和气相的蛋白质序列分析仪 利用以上分析仪方法可分析一段DNA的核苷酸序列,从而转译出与之对应的氨基酸序列，此法现已成为研究含量微的蛋白质的主要方法[1]。 质谱对蛋白质(肽)氨基酸序列的分析 通过串联质谱技术(MS/MS)和源后衰减基质辅助的激光解吸/离子化(PSD-MALDI-MS),人们就可以从质谱分析中获得肽及蛋白质的结构信息[2]。 蛋白质三维结构的研究 X射线单晶衍射分析 X射线单晶衍射分析一直是蛋白质三维空间结构测定的主要方法, X射线衍射法的分辨率可达单个原子的水平,使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局,还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。 核磁共振技术(NMR)分析 多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维空间结构的唯一有效手段[3],而且它能对在溶液中和非晶态的蛋白质进行测量。 蛋白质二维结晶及其电子晶体学的结构分析 蛋白质二维结晶及其电子晶体学的结构分析是目前结构生物学最活跃的领域之一。此法既适用于水溶性蛋白质,也适用于脂溶性膜蛋白的研究。电子晶体学已发展为X射线晶体学所不能替代的生物大分子空间结构分析的有效手段[4]。 蛋白质溶液构象的光谱技术 紫外-可见差光谱 蛋白质在紫外区的光吸收是由于芳香族氨基酸侧链吸收光引起的,而在可见区的研究则限于蛋白质-蛋白质、酶-辅酶、酶-底物的相互作用以及入生色团等.差光谱的产生是基于生色团经受一定的环境变化时,吸收峰发生位移,吸光度和谱带半宽度也有改变。根据差光谱的光谱参数,可以推断这些生色团在大分子中是隐藏的、半暴露的还是完全暴露的[5]. 荧光探针法 荧光光谱法是研究蛋白质分子构象的一种有效方法,它能提供包括激发光谱、发射光谱、斯托克斯位移、荧光强度、总荧光量、量子产率、荧光偏振和荧光寿命等参数,这些参数从各个角度反映了分子的成键和结构情况。通过这些参数的测定,不但可以做一般的定量分析,而且还可以推断蛋白质分子在各种环境下的构象变化,从而阐明蛋白质分子在各种环境下的构象变化,进而阐明蛋白质结构与功能之间的关系。 圆二色谱 圆二色性和旋光色散都可用于测定分子的立体结构。旋光色散利用不对称分子对左、右圆偏振光折射的不同进行结构分析,而圆二色性则利用不对称分子对左、右圆偏振光吸收的 不同进行结构分析[6]. 通过圆二色的测定和计算可以了解蛋白质分子在溶液状态下的二级结构。圆二色对构象变化敏感, 它可灵敏的检测一些反应引起的构象变化,特别是用于观测蛋白质的变性是非常方便的。 激光拉曼光谱 拉曼光谱是研究分子振动和转动光谱的重要手段,它是没有任何遮蔽效应的不破坏样品的光谱技术之一,可提供的蛋白质结构信息很丰富,还可在生理环境或活体中做实验,能更真实地反映生命过程。其中，紫外-共振拉曼光谱成功的利用蛋白质在紫外区具有吸收性质,使紫外共振激发蛋白质分子成为可能,在很大程度上提高了拉曼散射截面,而且紫外激发消除了荧光干扰,提高了信噪比[7]。 蛋白质结构测定研究发展动态 质谱在蛋白质氨基酸序列分析中的应用，因近年来,在离子化的技术及仪器方面取得了突破性进展,使得质谱所能测定的分子量的范围大大超出了10ku。因此,软离子化技术、基质辅助的激光解吸/离子化(MALDI)和电喷雾离子化(ESI)显得尤为有前途。其中，国际上的研究动向也正是将化学降解法或酶降解法同质谱技术相结合,以开创一种快速、便宜、精度高、灵敏度高而又通用的序列测定技术。 蛋白质结构的预测 蛋白质结构预测的目的在于揭示蛋白质氨基酸序列与蛋白质空间结构之间的关系，进行蛋白质高级结构预测，为进一步的结构与功能研究及分子设计提供基础。蛋白质结构预测问题是分子生物学的中心法则中尚未解决的内容，被称之为第二代遗传密码问题。该问题的解决不仅具有理论意义，而且对于生物技术的发展具有重要的指导意义。 蛋白质结构预测研究现状 蛋白质的功能是由蛋白质的结构决定的，为了研究蛋白质分子结构的基本规律，人们用不同的方法，从不同的角度对已知蛋白质进行分类[8.9]。一方面是基于生物功能，另一方面是基于结构自身，其中也曾将二者结合在一起来进行分类。 蛋白质结构预测的方法 第一类方法是假设蛋白质分子天然构象处于热力学最稳定，能量最低状态，考虑